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我们常用ConsensusCluster来做聚类或者寻找分子亚型,常见的用法是考虑CDF下降坡度稳定小,比如图B、D中应该是k=5,然而有时候选择该值未必完全遵循此规律。
比如这篇CCR的文章,就没有按照此套路来,留此为记。
Unsupervised clustering of quantitative image phenotypes reveals breast cancer subtypes with distinct prognoses and molecular pathways
生物信息工程师
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