最近，借着新技术的东风，高水平的基因组文章一篇又一篇，让小编目du不bu暇guo接lai啊！今天小编又激动了一把，母校柑橘团队又发NG了，这可是柑橘属NG二进宫了。大家还记得大明湖畔的甜橙吗？所以，大家对于已测序物种基因组的发表还是不要太担心啦，有好的结果，文章照样还是可以发高分的！

快速撸完整篇文章，总体感觉，分析手段很俗，但是结果却很出彩。接下来本编就要开始开始进行“三把刀”了，叨叨叨。

首先说说柑橘的性状，柑橘从原始到野生再到栽培的过程中，出现了多个性状的改变，其中最有意思的就是生殖模式由单胚到多胚的演化。

神马意思？且看且听！柑橘不同于其它植物，其珠心组织的体细胞也可发育成胚，而一粒种子中能发育出多个珠心胚，最后发育成多个珠心苗，这种现象呢，就叫多胚性。

估计大家有点晕乎，还是上图来的直接，图1展示了柑橘从从原始到野生再到栽培的过程中，多胚到无单胚，有性生殖到无性生殖的表型转变。这个物种特性很牛掰啊，好不好！换做其它经济作物，如果能够通过柑橘的该特性固定优良性状，那还得了！小编不禁YY了，以后是不是不再提什么杂种优势了，好的品种直接扦插嫁接就好了！

图1 

说到研究，咱还是得说说实验材料！本文中完成全基因组测及组装的共有四个物种，包括葡萄柚（纯三代组装），酒饼簕+宜昌橙+枸橼（纯二代组装），加上之前测序的甜橙和柚子，一共六个基因组。关于组装，小编还是得说一说，纯三代相较与纯二代的组装效果不要好的太多！葡萄柚纯三代只用了不到60 ×数据，contig N50 就能达到2.2 Mb，而其它二代组装中指标最好的contig N50才76.6 Kb，相差了将近30倍！关于二代与三代组装效果，大家还记得前段时间的“金山羊”吗？大家都懂的，如果有兴趣可以与小编聊一聊！

图2

那么多基因组，组装注释完都干了啥？当然是PAV，SNV，dN/dS，先来一遍！（名词解释恕高冷小编不提供，想了解的朋友们去问问度娘就行了。不要说小编不专业，谷歌用不了啊！）这些分析的确能找到一些差异基因，但是证据不确凿啊！很难想象侯亮平没有证据就把达康书记的老婆带走，书记，省委，市委能同意吗？

图3

接下来，一大波群体材料登场了！本文中完成了多个群体，100份材料的重测序，加上之前已经发表的，一共108份数据。作者一共筛选出了15个酒饼簕（祖先种），11个宜昌橙（野生种），和19个葡萄柚（栽培种）用于群体比较分析。群体遗传参数用的是π 和FST(请注意这才是正确写法，本编的专业性不容质疑)。通过各群体间的FST分析，发现柑橘祖先种与柑橘属间的差异更大，而柑橘属不同群体间的差异都相对较小且水平相当。π 分析也证实祖先群体内部的遗传多样性更大，而野生种相对于祖先种而言，群体内部多样性减少很明显。之后通过筛选祖先，野生及栽培群体间基因组上受选择的区域，结合各群体间的表型特征，文章进行了关联及解释。看到这里，小编不禁想说，还是常规套路啊！

请注意，前方高能，精彩的部分要来了！

还记得前面小编提的多胚性状吗？作者通过单胚和多胚杂交后代的分离群体124份材料，进行BSA混池分析，利用Δ(SNP index)将这一性状关联到4号染色体上一个1.96 Mb的区域。之后又利用多胚性状，将108份重测序材料，分为两个群体，进一步把区域定位到了一个80 Kb范围。此区域共包含有11个基因，通过对这11个基因进行地毯式搜查，最终在Cg4g018970(CitRWP)基因的启动子区域，找到了在两个群体间存在一个长度为203 bp的MITE反转座子差异。侯局长抓人讲证据，论文发NG要靠数据！通过在柑橘属不同物种中间进行差异PCR验证后，作者对这一差异进行了扩大群体验证。结果在213个多胚群体中都存在这一变异，而在573个单胚群体中都不存在这一插入。完美的共分离啊！另外比较转录组数据也证实多胚群体中此基因为高表达。关键结果必须上图，详情见图2。铁一般的证据摆在了眼前，编辑们不得不信啊！

图4

综上所述，文章最终通过柑橘的祖先，野生种及栽培种之间的泛基因组分析，同时加入多个群体间的遗传进化分析，结合大群体验证及以及比较转录组分析，最终发现并确定了一个与多胚性状相关的基因。材料宝贵，套路通俗，思路清晰，结果完美！

最后小编祝大家早日破解完研究材料基因组，文章发高分！同时候局长赶快把贪官办进去，以正党风！

参考文献

Xia Wang, Yuantao Xu, Siqi Zhang, et al. Genomic analyses of primitive, wild and cultivated citrus provide insights into asexual reproduction[J]. Nature Genetics, 2017