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人基因组重测序得到了SNP和结构变异的结果，如何进一步分析那些...
你做的样本是什么疾病（或性状），就与什么疾病相关。 很多大的测序公司都提供数据产出、分析、合作写文发文的一条龙服务。不过做广告的事儿，我就不干了，还是留给销售去做吧。
回答于 2018-01-12 11:00
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搞生信最简单的流程是什么呢？找差异基因，做GO KEGG PPI？有没...
这是做表达谱（或RNA-seq）分析的流程。 生信最简单的流程是……（不分析，直接获取结果），例如， 1. 去UCSC或NCBI的各种库，直接查你需要的基因、位点的各种信息。 2. 去GEPIA这样的网页，直接查询某个基因在各种肿瘤的表达、生存分析结果。 3. 去STRING等网站，简单的输入基因列表，就获得蛋白质之间互作图。 4. 其...
回答于 2018-01-12 09:20
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请问已经筛出差异基因，有什么软件可以做出差异基因的图吗？用DA...
下载excel，然后用另外的软件作图即可。 条形图，用excel就可以做。 更为复杂的图形，可以选用cytoscape或R来作图。
回答于 2018-01-11 14:09
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如何查看几个基因是否在同个通路，以及他们之间是否有联系和影响
可以用string数据库查看这些基因/蛋白的相互作用和GO、KEGG富集情况。 粗略看了一下你提供的这些基因，相互没啥联系啊。
回答于 2018-01-11 14:07
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怎么用Ensembl和NCBI等数据库查找基因的SNP和InDel信息
用NCBI的dbSNP和基因的基因组起止位置查找。位于起止之间的SNP和InDel就是所需要的。 dbSNP的下载地址，可用这个链接下载：UCSC收录的dbSNP146版本
回答于 2018-01-11 14:06
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关于简易tcga下载工具合并后的gene count
lnc多是lncRNA，Loc多是没有被研究过的基因。所以，GEPIA查询不到。 如果你希望研究的是编码基因，直接文章里写出来就好了。 顺理成章地，下游分析（GO和KEGG）可以去掉这些基因。
回答于 2018-01-04 16:27
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