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人基因组重测序得到了SNP和结构变异的结果,如何进一步分析那些...

你做的样本是什么疾病(或性状),就与什么疾病相关。 很多大的测序公司都提供数据产出、分析、合作写文发文的一条龙服务。不过做广告的事儿,我就不干了,还是留给销售去做吧。

回答于 2018-01-12 11:00

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搞生信最简单的流程是什么呢?找差异基因,做GO KEGG PPI?有没...

这是做表达谱(或RNA-seq)分析的流程。 生信最简单的流程是……(不分析,直接获取结果),例如, 1. 去UCSC或NCBI的各种库,直接查你需要的基因、位点的各种信息。 2. 去GEPIA这样的网页,直接查询某个基因在各种肿瘤的表达、生存分析结果。 3. 去STRING等网站,简单的输入基因列表,就获得蛋白质之间互作图。 4. 其...

回答于 2018-01-12 09:20

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请问已经筛出差异基因,有什么软件可以做出差异基因的图吗?用DA...

下载excel,然后用另外的软件作图即可。 条形图,用excel就可以做。 更为复杂的图形,可以选用cytoscape或R来作图。

回答于 2018-01-11 14:09

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筛选差异基因,做了GO KEGG PPI,下一步需要做什么,有什么作图...

作图软件很多。常见的有cytoscape和R。

回答于 2018-01-11 14:08

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如何查看几个基因是否在同个通路,以及他们之间是否有联系和影响

可以用string数据库查看这些基因/蛋白的相互作用和GO、KEGG富集情况。 粗略看了一下你提供的这些基因,相互没啥联系啊。

回答于 2018-01-11 14:07

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怎么用Ensembl和NCBI等数据库查找基因的SNP和InDel信息

用NCBI的dbSNP和基因的基因组起止位置查找。位于起止之间的SNP和InDel就是所需要的。 dbSNP的下载地址,可用这个链接下载:UCSC收录的dbSNP146版本

回答于 2018-01-11 14:06

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kegg收费吗?

不收费。直接写用DAVID做的,同时,引用DAVID原始文献即可。

回答于 2018-01-09 16:09

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GEO数据

是的。GEO只保证上传组学数据(可能是表达谱,也可能是甲基化谱、SNP谱),不保证有临床信息。

回答于 2018-01-08 14:57

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关于简易tcga下载工具合并后的gene count

lnc多是lncRNA,Loc多是没有被研究过的基因。所以,GEPIA查询不到。 如果你希望研究的是编码基因,直接文章里写出来就好了。 顺理成章地,下游分析(GO和KEGG)可以去掉这些基因。

回答于 2018-01-04 16:27

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想请问有没有人知道这个是怎么做的?

图不复杂,domain就一个。看着是ppt做的。

回答于 2018-01-04 16:24