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67 个回答

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请问TCGA的数据都是双端测序的吗?为何一些文章用了TCGA的表达数...

谢邀。 两者差别不大。搜索一下,可以轻松找到两者的计算公式,并且可以查到两者的相似性较高。

回答于 2018-11-26 11:08

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请问利用TCGA的数据求两个基因的相关系数,应该用FPKM还是应该用...

谢邀。 差别很大么…… 我认为都可以。

回答于 2018-11-26 11:07

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热图

这个问题,你应该去看图注。

回答于 2018-04-11 09:56

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tcga如何下载某一特定类型的肿瘤数据,譬如舌癌,口腔癌

怕是没有那么细致的分类。

回答于 2018-04-04 14:18

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TCGA中基因表达数据的差异太大,可否删去离群值,便于作图

建议做log变换后画图。

回答于 2018-04-04 14:16

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请问生信分析对笔记本的CPU有要求吗

什么生信分析。如果是测序数据的比对、质控,有要求。如果是非测序数据,或是质控后的测序数据,主流笔记本足够了。

回答于 2018-04-04 14:16

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如何对肝癌数据做Fold Change

问题1:胃癌的数据做的是肿瘤患者的生存分析,你做的是癌与癌旁的差异表达。明显你多了癌旁,所以,该教程不适用。 问题2:教程中有癌旁(11),你没有选11。少一些是正常的。 问题3:可以看出第三列就是第二列去掉最后几个字符,自己用excel处理一下就好了。

回答于 2018-03-29 09:08

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R当前工作目录设置

 贴出你的代码和报错截图。

回答于 2018-03-25 14:10

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用生信人工具做出来的火山图怪怪的

这和什么工具做出来的关系不大,而和你如何处理数据关系很大……

回答于 2018-03-23 14:29

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TCGA数据有不同时间版本号,生信人工具下载的是最2016新版本的吗

TCGA的版本号的意义是随访情况(生存时间、生存状态)的更新。如果你要的是RNA-seq数据,那么和版本的关系不大。

回答于 2018-03-23 14:26