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我用TCGA简易下载的FPKM，有一些问题
csv格式的分隔符是“，”，你用的是sep="\t"。建议你读入文件之后，就str(rt)，看看你读入了什么，再开始下一步。
回答于 2017-07-11 13:31
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请问怎样获得新版TCGA中同一肿瘤的不同亚型数据？谢谢
首先，TCGA要有你需要的亚型信息。如果有，就可以在firehose方便的下载到按日期整理好的临床随访数据了。
回答于 2017-07-02 12:24
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利用TCGA资源，求助：从获取的差异基因集中，找出和预后相关的基...
不清楚你的预后相关基因集是如何得到的？如果是用TCGA做生存分析，我想不难。在此基础上，有预后相关的基因集，那就是取交集，然后按P值排序了。
回答于 2017-07-02 12:21
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在TCGA上下载的CNV数据，怎样方便地查看到它的tumor stage
TCGA数据的储存方式，是患者的临床信息与遗传信息分开的。这些文件之间依靠barcode相互联系。tumor stage是临床数据。所以，需要下载临床数据查看。
回答于 2017-06-30 11:45
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在TCGA简易下载小工具中，有SNP的分子数据吗？我好像没有发现。...
TCGA的数据分为3个level。其中，关于SNP的有somatic和germline两种。目前，somatic是level-3数据，可以用TCGA简易下载工具下载。而germline是TCGA限制数据，需要在dbGap申请下载和使用。
回答于 2017-06-26 11:05