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琢磨了很久的cytoscape作图，做出来的不对，请问像这样的数据要...
cytoscape可以作的图，种类很多。单从你的描述，难以判断你的目的。 你要给出你期待的图的样子，别人才好帮你看看……
回答于 2017-11-24 09:49
fileID.tmp文件编辑后，TCGA下载工具合并后为什么又恢复成原来的...
其实你是问如何分组的问题吧，可以不用费劲修改顺序，而用以下R代码进行分组： group <- ifelse(as.numeric(substr(colnames(exprSet),14,15))>1,"normal","tumor")
回答于 2017-11-18 09:47
用read.ilmn分析GEO数据集时，在GEO数据页面里哪个文件为probe p...
GEO中的GPL文件，对应的是该芯片的probe profile。control的probe profile当然也是这个文件。 targets是指导入原始芯片数据时的文件列表。包含以下四列内容，用tab分隔： Name FileName Cy3 Cy5
回答于 2017-11-18 09:45
在筛选DEGs时，P值确定，如何通过判断FC值的大小来判断上调与下...
FC是通过某个gene在case的表达量除以control的表达量得到的。 因此， FC > 1，即，case是control表达量的一倍以上，为上调表达。 FC < 1，即，case不到control表达量，为下调表达。 在分析时，通常用logFC表示，因为这样的话，2倍与1/2倍，在数值上表示为1、-1，这样画火山图就对称了。因此， log2FC > 1，为...
回答于 2017-11-16 19:54
本人生信小白一枚，想问大家一个问题，最近在做RNA_seq分析，想...
1.因为KEGG的输入文件是一个gene list，所以，做什么SEQ其实不重要。最终得到gene list就好。 2.KEGG pathway可以用非常多的软件分析，比较流行的有：网页分析工具(DAVID，g:profiler，string)，R包（clusterProfiler）等等。也有人自己写代码来计算的。 3.KEGG结果的可视化。从你的截图来看，这篇文章是用R软件作图...
回答于 2017-07-20 12:40
我想咨询一下关于TCGA上CNV数据一些问题。我找的是breast的样本...
肿瘤分期合并的标准。至少要根据你的研究设计来考虑。 比如，你更关注TNM的哪一个？ 比如，你要研究临床认为最为严重的，还是研究最有可能治愈的？ 乳腺癌本身就是有一个分期标准的。（我随手百度的。你可以去找更专业的分期情况。） 可以看到是按照TNM，而合并了一些分期的。也可以参考作为你合并的依据。
回答于 2017-07-12 09:49