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GEO的RNA-Seq数据为RPM，如何转换为TPM?
1) RPM转TPM: 可以先将RPM转为FPKM，参考 https://zhuanlan.zhihu.com/p/150300801 写个小程序就能解决； 2) 基因的length可用 R 包：biomaRt .
回答于 2021-03-09 14:08
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请问TCGA用lasso做预后模型，用GEO验证，结果验证组risk全是低风...
TCGA和GEO数据之间存在平台差异，或者本质定量方式不同（RNAseq基于count，芯片基于荧光值）；若在GEO验证归一化是必须的；个人建议最好对TCGA同一数据进行分组验证，GEO验证可以针对筛选出的基因进行表达水平的验证。另外ICGC也有一些数据可以纳入进行验证。具体可邮箱联系。
回答于 2021-01-08 13:37