老师好，我的问题是这样，下载了胃癌的miRNA profiling isoform数据合并后，得到的是RPM数据集，对数据进行分组后，
（1）直接用DECenter中的limma方法进行差异分析，cutoff值默认，运行顺利得到了差异分析结果；得到了305个差异基因，这是第一种分析方法；
（2）因得到的miRNA profiling isoform的合并数据中，大小差异特别大，我用归一化工具对数据进行了log2的归一化处理，得到新的merge矩阵，然后再按照（1）中用DECenter工具分析，同样的cutoff值，运行顺利，得到的差异基因数是155，这是第二种方法。
两种算法得到的结果差别很大，我对这个结果拿不准，不知道哪种方法是对的？因为之前看到有老师说可以直接用，我就采用（1）直接分析了；然后看到矩阵中的RPM数值差异特别大，又试用了（2）方法，结果是这样的。所以，求教老师解惑。谢谢！