从GEO里打开一个我们需要的GSE数据集,发现表达类型为Expression profiling by array,有的出现是DNA表达量,有的在summary中有明确提到是RNA表达量,可没提到的怎么区分呢??
下载这个数据集后的表达量为下图:
能根据名字判定吗?如果是RNA表达量,怎么筛出lncRNA呢?
一般情况下探针都是RNA水平的,要筛lncRNA有两种方式
一、从GPL570的平台注释文件中寻找lncRNA
二、拿探针序列去做重注释
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