未回答的问题 - 第28页

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刘锦 2019-01-07 08:53

5 用limma包做tcga数据差异分析，应该用下图中的哪个数据？是用标准化后的还是原始数据？如果是做生存分析又是用哪个呢？

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徐博洋 2018-12-28 19:20

简易数据标准化工具一直卡在0%是怎么回事

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徐博洋 2018-12-28 19:20

简易数据标准化工具一直卡在0%是怎么回事

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Grant 2018-12-25 16:33

10 用DECenter的Deseq2做TCGA差异分析时出现logFc和up/down regulated不一致的情况。比如logFc>1和logFc<-1的基因都有up regulated的(如图），用同样的分组信息edger都没问题，这是什么原因？谢谢

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Sunny8192 2018-12-20 09:13

DEcenter运行无反应？

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马克 2018-12-16 17:44

3 r的包rehh中data2haplohh命令给出的例子文件格式是.map和.inp，是什么意思？怎么把excel数据转成上述格式？

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fanxx 2018-12-16 00:12

有没有小软件能分析甲基化差异位点？

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chyysh90 2018-12-15 17:42

根据P值自己在Diff.txt.文件中筛选出来，还是TopExp.txt文件里就是top差异基因？

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江平 2018-12-15 01:06

GSEA结果解读

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柳正春 2018-12-14 11:13

GSE9014的数据转换： The data in Oncomine has been processed by inversing the ratios and averaging the two values per sample. 是什么意思

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柳正春 2018-12-14 10:26

GSE9014是53个肿瘤组织和6个正常组织，但GEO下载下来的标本却有123，为什么？

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sdfasdf 2018-12-14 10:12

芯片数据注释后有很多重复的该怎么处理？后续要做WGCNA什么的。

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pengtao 2018-12-13 21:43

请教GEO数据库中A基因与其他2万多个基因的相关性。

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顶顶 2018-12-13 17:43

老师，麻烦问下，如何把我从isoform中的3p和5p信息结合到我用miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling筛出来的mirna呢？我想找mirna对应的mrna，谢谢老师

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qingdong0123 2018-12-13 10:13

heatmap运行不了

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wangliyu 2018-12-12 16:02

DEcenter 差异分析小工具报错 R是3.2.5版本好像是R包的问题但是limma包我是装过的啊反复安装也是一样的

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Dennis 2018-12-12 10:43

15 GEO差异基因分析

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wangliyu 2018-12-11 23:10

之前已经安装R软件了版本是3.25，但运行DECenter简便的差异分析工具时还是提示该插件需要R才能运行。

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十八子 2018-12-11 16:24

3 蛋白质组学数据WGCNA结果

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xiapp 2018-12-10 22:03

5 用limma包做tcga数据差异分析，应该用下图中的哪个数据？是用标准化后的还是原始数据？如果是做生存分析又是用哪个呢？

简易数据标准化工具一直卡在0%是怎么回事

简易数据标准化工具一直卡在0%是怎么回事

10 用DECenter的Deseq2做TCGA差异分析时出现logFc和up/down regulated不一致的情况。比如logFc>1和logFc<-1的基因都有up regulated的(如图），用同样的分组信息edger都没问题，这是什么原因？谢谢

DEcenter运行无反应？

3 r的包rehh中data2haplohh命令给出的例子文件格式是.map和.inp，是什么意思？怎么把excel数据转成上述格式？

有没有小软件能分析甲基化差异位点？

根据P值自己在Diff.txt.文件中筛选出来，还是TopExp.txt文件里就是top差异基因？

GSEA结果解读

GSE9014的数据转换： The data in Oncomine has been processed by inversing the ratios and averaging the two values per sample. 是什么意思

GSE9014是53个肿瘤组织和6个正常组织，但GEO下载下来的标本却有123，为什么？

芯片数据注释后有很多重复的该怎么处理？后续要做WGCNA什么的。

请教GEO数据库中A基因与其他2万多个基因的相关性。

老师，麻烦问下，如何把我从isoform中的3p和5p信息结合到我用miRNA-seq-BCGSC-miRNA Profiling筛出来的mirna呢？我想找mirna对应的mrna，谢谢老师

heatmap运行不了

DEcenter 差异分析小工具报错 R是3.2.5版本好像是R包的问题但是limma包我是装过的啊反复安装也是一样的

15 GEO差异基因分析

之前已经安装R软件了版本是3.25，但运行DECenter简便的差异分析工具时还是提示该插件需要R才能运行。

3 蛋白质组学数据WGCNA结果

你好，你用CIBERSORT进行矩阵分解时用的FPKM还是TPM呀，效果好吗？最近我也再用这种方法，效果不好，可以讨论一下吗

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