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3757
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徐安
2022-10-28 14:54
生存分析时候TCGA-SKCM(N=444) 和 TCGA-SKCM-M(N=347)有什么区别
0
回答
2472
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wongkj
2022-04-12 11:21
祝老师,我走hisat2+featurecounts+DESeq2得到count矩阵,对ensemble ID进行symbol转换时,存在多个ID对应一个symbol的情况,请问count矩阵应该怎么合并基因count表达值,有代码可以参考吗?
RNA seq
count
0
回答
2266
浏览
wongkj
2022-04-12 11:14
RNAseq 用hisat2+featurecounts+DESeq2流程得到count矩阵,先根据ensembl ID转换成gene symbol,出现多个ID对应一个symbol的情况,需要对基因的count值进行合并,请问可以用什么方法,可以提供下代码参考吗?
RNA seq
count
0
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2030
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Leeson
2021-06-21 16:45
cuffdiff产生的转录本表达矩阵转成基因表达矩阵,能否直接用插件Trans Value Sum
0
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1534
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聂进
2021-04-30 21:56
多个数据集取交集的共表达miRNA怎么计算他的Fold change及p值?
0
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3058
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Shannon
2021-03-05 18:26
10
RNA-seq 差异表达 无重复样本
1
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4742
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Haoyue Guo
2021-01-17 23:35
3
GEO的RNA-Seq数据为RPM,如何转换为TPM?
GEO分析
0
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2613
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ztnano
2021-01-14 15:35
WGCNA临床信息赋值
WGCNA
1
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3388
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王可
2020-12-15 20:29
GEO下载下来细胞来源、组织来源的数据集样本可以合并成去分析吗?还是要单独每个数据集一起分析?
GEO
GEO分析
1
回答
1979
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songfei
2020-12-03 19:44
怎么将合并的临床数据txt文本转换成excel表格呀?有脚本吗?
临床数据
1
回答
2856
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Leeson
2020-11-17 08:56
5
全血RNA-seq能做免疫浸润吗?
0
回答
7975
浏览
wang
2020-11-14 03:19
ERROR : dim(X)的值必需是正数
0
回答
3179
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王生
2020-11-01 16:01
lncRNA重注释问题
lncRNA
GEO
重注释
1
回答
2386
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蔡令凯
2020-10-31 20:50
10
pheatmap
0
回答
2828
浏览
shengxinren_hugh
2020-10-27 16:32
3
TCGA训练集建立riskscore,取中位数分组,将tcga所得riskscore中位数应用到geo验证集无法分组,该怎么解决?中位数
0
回答
1760
浏览
Lu Bingjun
2020-10-21 23:24
多数据合并去除批次效应工具使用
1
回答
5103
浏览
冬天
2020-10-12 10:51
3
WGCNA软阈值过低
0
回答
3141
浏览
dukepck
2020-09-22 22:52
TCGA下载的RNA-seq数据(TXT),如何根据JSON患者数据合并
TCGA
0
回答
1793
浏览
Haoda Wu
2020-09-22 18:01
已经按照教程设置了java和R,但是点击“工具”中的内容无响应
0
回答
2137
浏览
min xu
2020-09-20 13:34
10
做了一次mRNA-seq和一次lncRNA-seq(不同时间段做的),共有3组(空白,模型,药理),发现两次结果的差异基因数差别很大(仅统计mRNA数据),即(mRNA-seq测得的模型和给药组的差异基因数50个,而lncRNA-seq测得的差异基因数为1000),请问下一步应该怎么办,不知道哪次的结果是正确的,困扰了我大半年了,希望好心人帮助我解决这个难题,不然没法毕业了
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