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  • 祝让飞 生信一期  星标用户 2017-03-29 11:42

R语言中有哪些包可以处理批次效应

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TCGA下载数据中RNA-Seq HTSeq FPKM(UQ)是什么？

1 回答

10 用R中的DESeq2处理tcga下载的数据出现some values in assay are negative错误

4 回答
  • 祝让飞 生信一期  星标用户 2017-03-29 10:42

3 蛋白质组学文章中差异倍数选择相差很大，有没有一个标准？

1 回答

请问log2FC的值取大于0.5可以吗

1 回答
  • xkw 2017-08-26 20:19

5 如何用GPL文件将GEO芯片矩阵中的ID转换成gene symbol，用R语言。

1 回答

FPKM多大才认为这个基因是表达的？

2 回答

5 RNA-seq的fpkm数据应该用什么差异分析方法？

1 回答

5 生存分析曲线显著性差异如何判断？

1 回答

RNA-Seq数据生存分析时分组，高表达（High）和低表达（Low）是怎么确定的？

2 回答

GSEA的结果解读？

2 回答

KEGG Pathway通路图怎么标上颜色的？

1 回答

生存分析所得p值与生存曲线logrank值不同

1 回答

10 请问差异基因分析的小软件中，出来的结果logFC是log2FC吗？

1 回答
  • XL 2018-03-12 10:48

3 GEO中表达类型为Expression profiling by array到底是DNA还是RNA呢？

2 回答

10 在用limma做差异分析时建立线性模型失败报错Error in rowMeans(y$exprs, na.rm = TRUE) : 'x' must be numeric

1 回答

求助CNV数据分析

2 回答

5 GISTIC如何在线分析TCGA下载的CNV数据

3 回答
  • duan 2018-03-23 17:23

您好，我是一个R语言的菜鸟，但这是我的毕设。我现在需要做乳腺癌miRNA的edgeR分析（无法使用小工具），看了您的代码，照着写的，可是遇到好多问题。想请教一下您！

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GEO中GPL2507平台，没有genesymbol和ID信息，这样的怎么处理可以得到genesymbol

今天，你的分析遇到什么问题呢？

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