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怎样快速简洁的从TCGA数据库中提取预后相关信息?

我从Broad institute上分别下载了miRNA数据和临床相关数据两个txt文件,首先我利用R包对miRNA分析后得到了一百多种差异表达miRNA,现在想提取病人基本的临床信息,以行生存分析和相关分析检测,但是前面下载的临床数据文件内容...

已下载生信人VPN定制化客户端,但是打不开Google,也获取不了远程TCGA项目列表信息

为什么已下载生信人VPN定制化客户端,但是打不开Google,也获取不了远程TCGA项目列表信息呢?

关于TCGA简易下载工具v14下载数据的问题

我参照这篇文章(https://shengxin.ren/article/208)下载肝癌的RNA-Seq数据时有一些问题想请教一下 1.这个下拉菜单栏里面有好几个选项,请问有什么区别吗? 2.我选择了HTSeq-count(424)下载后,发现里面全是压缩包格式的文件,然后我通...

解决 TCGA小工具下载来的数据用DESeq包,自己摸索了大半天,还是不行,求大神指导

,有些值不是整数是神马意思 谢谢!!!

TCGA简易下载工具 可以只下载一部分数据吗 我要下的有485个数据 都下载文件太大

TCGA差异分析发现某些基因在肿瘤组织中低表达,但生存分析发现肿瘤中高表达的预后差,怎么解释呢?

如题。。。到底是抑癌还是促癌呢?

下载的文件合并后,进行归一化处理,非TCGA为什么不能转换成TPM,这应该怎么处理

TCGA下载的是HTSeq-FPKM数据,不是counts数据,DEC分析时应该选择哪种方法?

Y染色体的甲基化位点为什么在tcga中的卵巢癌数据中也会体现

请问下载过SangerBox软件以后,为什么启动不了里面的软件,想用里面的TCGA简易下载工具。谢谢

TCGA数据库在做共表达之前能不能对数据进行对数化处理,对数话处理有什么含义吗

在线ID转换工具转换的TCGA数据转换后的基因是不是包含长链非编码RNA?

如题

TCGA中miRNA profiling下载完,合并后merge.txt错位

1.下载STAD数据中BCGSC miRNA profiling(491),下载成功,并能完成合并;打开merge文件,发现错位,数值矩阵和标题(样本名)错两列; 2. 其中一列数据全部为N; 3. 寻找下载的每个样本的独立文件,发现前两列也有错误,是其中...

firebrowse中TCGA数据下载文件名的意义?

... (MD5)illuminahiseq_rnaseqv2-RSEM_genes_normalized  (MD5) firebrowse中TCGA数据下载文件名的意义?我们平常来分析常用哪种?我查阅了RSEM是计算counts的一种方法,而好多教程都是要求FPKM来计算,如何转换?又有资料说用RSEM的counts来计算FPKM...

TCGA简易小工具合并后查到的ENSG格式的名字对应的Counts的数据请问可以使用做差异分析吗

TCGA简易小工具合并后查到的ENSG格式的名字对应的Counts的数据请问可以使用做差异分析吗比如第一个ENSG,上面对应的TCGA-AA-A00Q-01对应的值4406是不是就是该患者癌组织该基因的Count值,可以拿来直接做差异分析吗