用的TCGA数据，按照“拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例”进行，操作，但是所得的所有曲线的logrank值都是NA
TCGA
...以我想看看基因A表达对肿瘤复发有没有影响，用的简易TCGA下载工具V16，结果发现A8_New_Event_Time和A1_OS里的时间完全一样，不知道这个A8数据还能用吗？还是说另外可以在哪里看的复发事件的时间呢？谢谢！
老师您好，用小工具先下载了tcga-counts合并文件，然后把表格逆转，按肿瘤-癌旁标本顺序重新排列，首列样本编号，第二列tumor /normal，然后这个文件和tcga合并文件一起decenter，得到表格里面有FC，p值，然后找里面fc最大的去PubMed...
本人刚接触r语言不久，用DESeq2处理tcga简易下载工具下载的数据是仿照网上教的处理pasilla方法，另外建立一个文档来分组，如图： 处理代码如下： library(DESeq2) setwd("C:/Users/Chen/Desktop/test/result") data <- read.table("test.txt",header ...
请问TCGA HT-Seq counts数据用limma包voom函数筛选差异基因时，TMM和quantile normalization都要使用吗？两个都用和只用quantile标准化有啥区别？v <- voom(counts, design, plot=TRUE, normalize="quantile")。
请教想要分析Septin9（SEPT9）在甲基化位点（Chr17:75369000-75370500）在胃癌组织与正常为组织之间的表达差异,使用Sanger下载甲基化测序文件合并的得到3Gb的txt文件，无法用excel打开，我该如何提取目标数据？十分感谢您的指导帮助。
批量生存分析做TCGA生存分析，导入表达数据文件时，为什么基因只能导入前50个？
各位大神，本人使用的是win10 64位系统，使用TCGA简易下载工具V8时提示“UnicodeDecodeError: 'ascii' codec can't decode byte 0xc9 in position 7: ordinal not in range(128)”，试了好多次都这样，无奈之下重装系统，一开始是可以打开的，但是重启后又...
老师您好，我想筛选TCGA的乳腺癌中ER,PR,HER2阴性的患者
使用TCGA RNAseq数据归一化工具时，能转化但得不到矩阵文件，怎么办？