下载的TCGA临床合并数据，follow_ups.follow_up.vital_statu有许多样本数据显示为空白，请问这是什么意思，表示失访吗？那我使用时直接删除这些样本？

请问老师们，从TCGA官网上利用GDC tool下载结肠癌基因表达的counts数据，和使用R包-TCGAbiolinks下载，得到的样本数量不一致，请问是什么原因？有遇到这样的情况的吗？

请问在TCGA中下载了RNA-seq中的表达数据，然后在小工具中准换了一下，转换时选的是编码基因，是不是转换成功的为mRNA表达数据呢

用简易TCGA下载工具下载的miRNA-Seq-BCGSC miRNA Profiling数据，其中reads_per_million_miRNA_mapped数值与朋友在生物公司做的数值不一样呢？

用简易TCGA下载工具下载的miRNA-Seq-BCGSC miRNA Profiling数据，其中reads_per_million_miRNA_mapped数值与朋友在生物公司做的数值不一样呢？ 导致最后分析出来的结果，我用DECenter-V4分析出来的是down-Regulated，而他那头公司出来的是Up-Regulated...

从firebrowse上下载tcga转录组学的数据，是具体选择哪些呢？见下图，是选择mRNA seq 然后下载第二张图中的倒数第二条还是倒数第四条或者其他的呢

从firebrowse上下载tcga转录组学的数据，是具体选择哪些呢？见下图，是选择mRNA seq 然后下载第二张图中的倒数第二条还是倒数第四条或者其他的呢

关于提取TCGA的maf文件中的基因突变信息

请问各位大神，我这个perl脚本是用于提取maf中的基因突变信息的，但是这个脚本却提取不出，请问代码的问题出现在哪里呢，谢谢！ use strict;use warnings; my $file=$ARGV[0];my %hash=();my @sampleArr=();my %sampleHash=();my $gene="all"; my @samp1e=(loc...

请指导

我在TCGA下载数据后，解压到一个Fies文件夹，然后用Perl脚本转化数据时总出现这样的结果，正常组织 0  肿瘤组织0 ，是哪里出问题了。

TCGA中胶质瘤的临床病理学数据如histology, gender, age, survival information and IDH1 gene mutation status, 1p/19q codelet, GeneExp subtype等在哪里下载提取

用TCGA下载的FPKM数据分析差异基因表达不是不符合正态分布吗？不能用Limma，或T检验分析差异基因，同时也不能用DEseq或edgeR分析，那如何分析FPKM数据的差异表达？

用TCGA的乳腺癌临床数据做生存分析时，用A1_OS，A2_Event 和vital_status，days_to_last_followup这两种都可以吗

用TCGA的乳腺癌临床数据做生存分析时，用A1_OS，A2_Event 和vital_status，days_to_last_followup这两种都可以吗

解决 关于如何能下载到足够的临床数据

小生最近在TCGA，ICGA及GCBI三个数据库上下载关于某一癌症的临床数据，我的目标是能找到带有drug name 与pfs及os等详细描述的临床数据，但只在TCGA上找到了522个样本，GCBI上并没有找到符合要求的数据，临床删选后剩下的样本是远...

boxplot运行成功后只有txt,没有图片

...\2018-05-28-15-04-51-5b0baa133e30a\boxplot.r" "D:\scentific research\ceRNA\TCGA-LAML" "success_gene expression-tpm.txt" "GeneExpression" "001a80"R语言运行结束D:\scentific research\ceRNA\TCGA-LAML\GeneExpression boxplot.jpg (系统找不到指定的文件。)导出成功运行完毕开始运行...

差异基因分析

...异非常大，甚至几百倍；    2.cBioportal的数据是来源于TCGA，而TCGA的数据是有经过RPKM处理的，所以cbioportal数据是不是今年两次处理即RPKM和RSEM还是仅仅一次，即RSEM；    3.如果RSEM数据可以直接进行差异基因分析，选择哪一种函...