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如何用生信工具盒V9实现Merge_matrix.tpm.txt中ENSG_ID转换

老师您好！导出FPKM并归一化之后得到merge_matrix.tpm.txt，然后试图使用盒中convert工具处理首列的ENSG_ID,发现程序只能选择tgz后缀文件，而V9 TCGA简易下载工具里没有ENSG_ID转换选项。

sangerbox转化的TPM，表达值之间感觉差距很大，可以直接用于差异分析和heatmap.2热图绘制吗

新手小白，用sangerbox下载了TCGA的转录组数据，下载的格式是FPKM 之后用 “简易数据标准化工具”，将FPKM转换成TPM 但是TPM中的表达量参差不齐，从0到几万都有 请问这样算是标准化完了吗？因为看一些视频里，标准化之后的数...

解决 批量生存分析工具结果中，匹配上234个样本，但是生存曲线中低表达组N=14，高表达组N=13，请问为何匹配样本数和高低表达组样本数差很多？

祝让飞老师在《拿一套TCGA胃癌的数据来批量做生存分析示例》一文中，详解讲解了批量生存分析工具，最后一张图中匹配上满足条件的样本是234个，但是生存曲线中低表达组N=14，高表达组N=13，请问为何匹配样本数和高低表达组...

R包和DEseq结果不同该怎么办？

...的还是DEcenter的？> foldChange=1> padj=0.05> > setwd("F:\\TCGA database RNAseq data difference analysis(none transference)\\none transference\\mRNA differenct analysis (none transference)")                    #设置工作目录> library("edgeR")载入需要的...

解决 用r的edgeR包跑出来的结果与DECenter中的结果不符

下载了TCGA的Rna-seq数据后分别用了DECenter和r中的edgeR包进行分析，完全按照教程来操作的，但得出结果有很大不同，求各位大神解答！还有按提示方法用DESeq2包进行分析时出现错误，求解！ edgeR代码如下： #edgeR source("http://biocon...

DECenter中DESeq2分析基因表达差异时报错

...域，正在做胃肠道肿瘤中相关基因表达差异分析，下载了TCGA数据库中RNA-Seq的count数据，利用TCGA建议下载工具对全部样本进行了处理合并生成了Merge文件，用DECenter中的edgeR实现了差异表达的分析，现在想用DESeq2模块再分析一遍，...

您好，我是一个R语言的菜鸟，但这是我的毕设。我现在需要做乳腺癌miRNA的edgeR分析（无法使用小工具），看了您的代码，照着写的，可是遇到好多问题。想请教一下您！

...lt;-read.table("F:\\大四下\\毕业课题设计\\miRNA-isoform数据集\\tcga_miRNA.txt",sep="\t",header=T,check.names=F) #改成自己的文件名  rt<-as.matrix(rt)  rownames(rt)=rt[,1]  exp<-rt[,2:ncol(rt)] dimnames<-list(rownames(exp),colnames(exp))  data<-matrix(as.numeri...