前面是标准化后的，可是后面正常组7个不在一条线上呢？ 下面是我的矩阵数据，值都很小，而且有负值，可以做差异分析吗？多谢！
...终搞不明白。 我下载了GEO数据后如果芯片数据没有经过标准化，就是有的数据上百，上千，数据间大小差异大。那么我利用sangerbox进行差异分析的时候，是直接四分位数标准化后进行差异分析。还是经过log2标准化，再进行四份...
...这部分不知道怎么写？我是直接写下载原始数据，用gcRMA标准化，多个探针时，其中位数吗？主要是怕审稿人问，谢谢，希望可以得到答复
...预处理的表达矩阵，那么如果下载表达矩阵，还需要进行标准化、归一化、计算缺失值等操作吗，还是直接可以差异分析。2.当需要用到多个芯片平台时，怎么处理文件？怎么标准化？是下载cel文件还是表达矩阵文件？谢谢！！...
请问从GEO上下载的affy芯片的原始数据，用affy包的rma函数处理后，标本仍然参差不齐（如图），是不是需要再标准化？还是把这些离群样本剔除？谢谢
...前，还需要对GSE数据进行什么处理吗？例如，对数据进行标准化？或先进行limma、DESeq2、EdgeR2分析？ （4）另外，是不是说芯片数据用limma分析，RNA-Seq用DESeq2或EdgeR2分析？如果是这样的话，那么若对比“11例癌组织和11例配对癌旁...