您好!days_to_new_tumor_event_after_initial_treatment,请问这个代表肿瘤进展的时间吗?为什么有的有标明进展原因,有些没有?另外有些标明了肿瘤进展,但没有具体时间,应该怎么处理呢
我在TCGA里挖掘差异miRNA,但不知道挖掘出来的miRNA是-3p还是-5p,怎么办,有没有好的解决办法,谢谢!!!
TCGA 中某个基因表达量怎么和临床信息对应起来
TCGA简易小工具下载的文件矩阵文件怎么做?
启动之后页面一直是这个样子,已经很久了。
图为TCGA的RNA-Seq和clinical数据,在进行批量生存分析时,显示数据不匹配,无结果。而本组数据是经过合库的,样本名称1对1匹配。 请求老师指教,谢谢!
...道病人肿瘤转移位置等等,每个人研究关注点不同,但是TCGA提供了非常详细的病理资料以供不同的研究人员研究,今天就用胃癌作为例子简单讲解一下。 如果使用TCGA简易下载工具的同学,可以直接下载胃癌的临床资料,然后...
老师好,我使用Sanger Box下载的TCGA GBM转录水平的Count值,将这些数据和使用其它方式(cbioportal及firehose)相比,数据有出入,而且有些病例和基因数值出入较大。请问,哪种方式下载的数据更可信些?谢谢!
...82,BMC,2012 Identifying microRNA/mRNA dysregulations in ovarian cancer TCGA,BMC,2012 Clear cell renal cell carcinoma associated microRNA expression signatures identified by an integrated bioinformatics analysis (GSE11016,GSE12105,GSE16441,GSE23085),BMC,2013 MicroRNA-mRNA interactions underl...
小工具下载的TCGA甲基化数据最后一列,feature type里有N_shore,S_shore,Island等,代表什么意思啊,启动子区域的是哪个呢,求教
TCGA简易下载工具V10更新主要在于成熟体miRNA的数据合并上,支持miRNA的isoform合并,从中可以得到新的矩阵然后再使用便捷ID转换器就可以将miRNA的表达谱矩阵转换成-3p、5p的miRNA了
老师,我已于8号晚上微信打赏,麻烦发一下邮箱1464896498@qq.com
大佬们有人知道这个问题如何解决吗?
图为TCGA的RNA-Seq和clinical数据,在进行批量生存分析时,显示数据不匹配,无结果。而本组数据是经过合库的,样本名称1对1匹配。 请求老师们的帮助,谢谢!
TCGA RNASeq数据提供了三种下载格式,很多新手不知道下载哪种格式的数据比较好,因为一些筛选差异的包比如(edgR等)需要Counts,所以很多人去下载了Counts,然后后续却不知道怎么去处理,当然本小工具也不能处理这个Counts,本...