目前要用TCGA转录组表达谱数据做差异表达，本来要选择DESeq或edge R，它们要求数据是raw count，用生信人开发的小软件也可以很方便的下载，但是在过滤低丰度基因的时候遇到一个问题：到底多少count以下是属于低丰度呢？我个人...
...位老师，想请教几个问题 1、在做差异分析的过程中，从TCGA下载的FPKM数据转换为TPM数据后，可以使用DEcenter里的limma包进行分析吗？ 如果可以的话，这种方式最好的差异分析处理方式吗（优于通过counts数据进行DEseq或者edg...
第一步，在简易小工具上下载TCGA miRNASeq 和临床数据 1、由于教程中是在FireBrowse ( http://gdac.broadinstitute.org/ )中下载的KIRC（肾透明细胞癌）数据，所以我在这里也下载了KIRC数据。 下载miRNASeq时，将文本下载到一个指定文...
...们看图说话哈。 看完摘要，大概就清楚了本文用了CGGA,TCGA两个数据库，挖掘挖掘再挖掘发现了一个重要的基因，为何重要？当然是跟预后，或者可能用于治疗靶点啦。接下来是Introduction,首先介绍下这种肿瘤的大概情况呀，治...
批量生存分析做TCGA生存分析，导入表达数据文件时，为什么基因只能导入前50个？
老师您好，我想筛选TCGA的乳腺癌中ER,PR,HER2阴性的患者
使用TCGA RNAseq数据归一化工具时，能转化但得不到矩阵文件，怎么办？
...下载完，最后扩展名为.bak，如：ationwidechildrens.org_clinical.TCGA-DD-A3A2.xml.bak，但是提示是下载完成了的，但是就是一合并数据就会出现这个错误提示。 如果这个功能确实不能用的话，直接到tcga官网下载临床数据也可以吗？ 谢谢...
解决目标：获得目标LncRNA的表达量，以验证TCGA所建立的预后模型 目前采用方法：通过对探针进行重注释，以期能够完成对LncRNA的重注释。但贵网站所提供的教程都是以Affymetrix公司为例的，其可以轻松获得FASTA文件。我想用的GEO...
我在TCGA下载数据后，解压到一个Fies文件夹，然后用Perl脚本转化数据时总出现这样的结果，正常组织 0 肿瘤组织0 ，是哪里出问题了。
想兑换里面的芯片注释以及TCGA临床资料详解这两本书，但是金币不够，怎么弄？
...5，GSE33630，GSE53157，GSE65144和GSE76039；在UCSC Xena数据库下载TCGA甲状腺癌表达数据（n=502）。 2. GEO平台数据处理：对芯片表达谱进行背景校正和RMA标准化处理，Combat去批次，探针注释到基因，当多个探针注释到同一个基因，取均值...
用TCGA简易下载工具下载的RNA-seq counts文件，已用ID转换器转换 简易GSEA一直运行出错，将路径更改为根目录仍然出错，该怎么办
...人不知道怎么办？当然lncRNA的数据更是注释信息很少，在TCGA中有一万多的lncRNA，而GEO上很多lncRNA的数据就比较少，并且注释的也少，最坑爹的一个问题因为lncRNA的研究没有gene的研究那么成熟大部分ID也不一样，，这让TCGA和GEO的...
...素瘤和肺癌。在这项研究中，作者使用癌症基因组图谱（TCGA）数据集研究了十种常见癌症类型的CT表达。结果发现CT表达是特异性的并且在某些癌症分子亚型中富集。 数据：来自TCGA的多种癌症的Level 3 RNAseq 数据 , level 3 Agilent微...