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请问在哪里可以下载V10版本

老师您好,请问在哪里可以下载V10版本?因为我想下载TCGA-miRNA 3p 5p的数据

如何判断一个基因表达的高低

TCGA下载了FPKM要怎么判断每个标本的某一特定基因量是高表达还是低表达。就是想知道在这所有样本里高表达有几个低表达有几个

文献解读(4)识别与m6A相关的mRNA Signature 来预测胰腺癌患者的预后情况

...也不能有效改善患者预后。因此,作者通过公共数据库如TCGA和ICGC中患者的临床数据和基因表达数据,根据m6A调节因子对不同癌症亚型和临床分期患者的调控能力不同,使用LASSO-cox回归建立了一个gene signature,能预测和改善PAAD患...

下载工具样本命名方式

我利用下载工具下载TCGA-LUAD转录组数据,发现数据中相同样本名的01原位肺腺癌数据有的居然有3个,后缀分别是01,01_r1,01_r2。请问这个是什么意思,是技术重复还是生物学重复吗?

怎样对GEO数据进行肿瘤微环境评分?

Estimate算法是不是只是用于TCGA数据?那GEO的数据可以进行评分吗?

文献解读(3)TIGS是一种有效的肿瘤内在生物标志物,可用于ICI应答预测

...       泛癌的临床、基因表达以及免疫数据:下载33个TCGA组的泛癌水平RNA-Seq数据和临床信息;从GEO数据库下载细胞癌、皮肤鳞癌和小细胞肺癌的微阵列基因表达数据集。 2)       GSVA:采用GSVA法定量分析APM基因在免疫细胞...

胶质瘤免疫治疗高分文章赏析

...约40%。为了综合的研究PD1表达和临床特征,我们使用了TCGA和CGGA的RNA-Seq数据和临床数据,本次研究是首次综合的分析胶质瘤的PD-L1表达的分子和临床特征。Cortez et al等人发现TP53通过microRNA-34调节PD-L1表达的新机制,从而助于肿瘤...

能不能选择性提取临床信息?

我想提取TCGA肿瘤患者中的临床信息,但我不需要那么多临床信息,(一个患者的临床信息就几百K)。请问各位高手,如何选择性下载自己感兴趣的信息

文献解读(3)在AML中是否存在RNA剪切差异?

...在研究的发现阶段,作者使用了两个成人AML队列的数据:TCGA-AML队列和Clinseq-AML队列。作者应用Beat-AML队列的数据来验证splicing signature的重要性。 RNA-seq数据分析 使用自定义的内部生物信息学流程,结合可用的工具(包括MISO)...

metabric 数据库的使用和分析

请问有没有大神会用metabric数据,网上有很多TCGA和GEO的教程,但是没有metabric,最近刚学习,还不是很懂,求大神指点

HeatmapCluster工具使用案例具体操作问题

在第一步添加矩阵文件(利用TCGA简易工具下载的肝癌Merge_matrix.txt.cv)时为什么显示内存不足?试过好几个电脑都是这样,请问怎么解决?

关于差异基因表达分析结果

请问老师,利用贵网站提供的差异表达分析软件,对TCGA数据miRNAs进行分析,结果如图所示,表中所示的上调是指在LUAD(癌组织)中上调还是Normal(正常对照组)中上调?因为进一步进行生存分析遇到了一些问题,所以想确定下。...

批量生存分析工具部分数据无法分析,求原因

小弟用生存分析工具分析TCGA数据基因的生存,发现部分基因没有结果,是什么原因,如何改进,求各位大神指教。

解决 如何获取生育情况,体重指数等信息

您好!我看到有的文献用到TCGA的数据,是包含患者的吸烟与否,合并症,体重指数等,但是我用生信人下载的临床信息只有16项,不包含以上项目,特请教:如何获取上述信息呢?谢谢!

生信人V6版本里各种小工具安装不成功

TCGA下载小工具安装不成功