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央视与遗传发育所合拍《走进科学-小菌株大作为》——枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加

我国是世界上最大的抗生素生产和使用国，同时也是细菌耐药性的重灾区。抗生素滥用问题在医疗特别是畜牧业领域尤其严重。畜牧业养殖户普遍将饲用抗生素添加到饲料中，当做保健品给动物防病，促...

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• 刘永鑫 发布于 2018-03-25 22:20

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16S+功能预测也能发Sciences：尸体降解过程中的微生物组

Metcalf, J. L., et al. (2016). "Microbial community assembly and metabolic function during mammalian corpse decomposition." Science 351(6269): 158-162. 于2015年12月10日在线发表，...

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• 刘永鑫 发布于 2018-03-21 20:13

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R画月亮阴晴圆缺：corrplot绘图相关系数矩阵

今天是十五元宵节，即是和家人团聚的机会，也是赏月的好日子。 但作为科研汪的我，在狗年应更加努力，争取在狗年旺旺，从加班狗中脱颖而出。 分享一个相关分析可视化实战，祝大家元宵节快乐...

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• 刘永鑫 发布于 2018-03-01 22:11

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Cell：人体细菌到究竟有多少，再作报告必引此文

关于人体细菌与人体细胞的比例，有众多文章和学术报告反复引用1972年关于细菌数量是人体细胞10倍的结论来突出细菌的重要性。然而这一46年前的粗糙结论显然不符合最新研究的结果。 以色列魏茨...

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• 刘永鑫 发布于 2018-02-25 17:31

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R语言添加p-value和显著性标记

R语言添加p-value和显著性标记，原文链接 https://mp.weixin.qq.com/s/gRw0krS3LY7c0QK9y47EJw 作者简介 Introduction taoyan：伪码农，R语言爱好者，爱开源。 个人博客: https://ytlogos.gi...

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• 刘永鑫 发布于 2018-02-18 13:38

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ggalluvial：冲击图展示组间变化、时间序列和复杂多属性alluvial diagram

感谢“宏基因组0”群友李海敏、沈伟推荐此包绘制堆叠柱状图各成分连线：突出展示组间物种丰度变化。 冲击图(alluvial diagram)是流程图(flow diagram)的一种，最初开发用于代表网络结构的时间变...

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• 刘永鑫 发布于 2018-02-17 14:49

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R语言交互式可视化包CanvasXpress

作者简介 刘永鑫，博士。2008年和2011年毕业东北农业大学微生物学和作物遗传育种专业。2014年在中科院遗传发育所获生物信息学博士学位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因组学实验室工程师，...

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• 刘永鑫 发布于 2018-02-15 11:18

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Nature Microbiology：肠道菌群如何划分肠型

题目：基于肠道菌群组成的“肠型”如何定义？ 认识肠道菌群领域的29位大佬，从熟悉他们的名字和单位开始。 作者：Paul I. Costea 1, Falk Hildebrand 1,2,3, Arumugam Manimozhiyan 4, Fredrik...

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• 刘永鑫 发布于 2018-01-25 21:58

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Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章

本文转载自“科研小榴莲”，己获授权。 今天小榴莲和大家一起探讨一篇17年十一月份发表在Nature的文章。 在西方以及中国部分地区高盐饮食是一种非常普遍的现象，高盐饮食已经成为高血压以及心...

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• 刘永鑫 发布于 2018-01-23 19:53

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编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

写在前面 个人认为：是否能熟悉使用Shell(项目流程搭建)+R(数据统计与可视化)+Perl/Python等(胶水语言，数据格式转换，软件间衔接)三门语言是一位合格生物信息工程师的标准。 之前分享过我个...

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• 刘永鑫 发布于 2018-01-18 22:55

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Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve还不会画吗？快看此文

关于测试数据共享文件声明 百度云是一种非常方便的文件共享方式，但是有时会出现文件无法通过审核，导致大家访问失败？之前团队分享视频(百度管片最严，你懂的，上周六的纪录片将扩展名mkv修改...

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• 刘永鑫 发布于 2018-01-16 00:05

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微生物组：3分和30分文章差距在哪里？

好的分析和可视化，可以提供大量的信息，同时兼顾简洁优雅。 今天我们抛开实验设计、方法和工作量等因素，仅从文章最吸引人的图片来讨论3分和30分(顶级)文章差距在哪里？

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• 刘永鑫 发布于 2018-01-14 21:31

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NC：自体免疫水泡皮肤病中鉴定基因与微生物组互作(微生物组关联分析MWAS)

之前我们平台分享过《Nature：宏基因组关联分析》综述，让大家系统的了解这一领域。同时还分享过一篇《GigaScience:谷子产量与微生物组关联分析》是植物领域中的优秀工作。今天再分享一篇在动物...

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• 刘永鑫 发布于 2018-01-06 08:41

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16S预测宏基因组最强R包-Tax4Fun

之前在公众号的文章《根据16S预测微生物群落功能最全攻略》阅读人数近3000人，有需求的用户还是非常多的。其中提到了4个软件，之前已经介绍了其中非常有特点的三种，分别为： PICRUSt预测宏基...

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• 刘永鑫 发布于 2018-01-03 09:47

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一条命令轻松绘制CNS顶级配图-ggpubr

本文转载自“EasyChart”，己获授权。本平台编辑对内容进行测试、修改和补充。 Hadley Wickham创建的可视化包ggplot2可以流畅地进行优美的可视化，但是如果要通过ggplot2定制一套图形，尤其是...

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• 刘永鑫 发布于 2017-12-27 12:36