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宏基因组实战3. MEGAHIT组装拼接及quast评估

前情提要 如果您在学习本教程中存在困难，可能因为缺少背景知识，建议先阅读本系统前期文章 宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2...

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-30 17:50

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宏基因组实战2. 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

本文英文原版见下方github链接，由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充，全网首发“宏基因组”公众号。 https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html 前...

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-26 13:51

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还找不到想要的文章吗？公众号搜索方法大全

随着公众号发展，历史文章越来越多，有很多小伙伴在查找某篇看过的文章、或想找相关的文章还是有困难的。 检索的方法还是有很多的。大家常用的是人工查看历史消息，但历史过久或文章过多查找十...

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-25 14:00

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宏基因组分析实战教程1. 背景知识

上次我写的学习经验和推荐的教程——《微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车》，小伙伴们当天阅读破2700+人次，3.5天破3000+，达到了宏基因组快车满三千人发车的要求。我也按约定...

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-23 20:37

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微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车

本文转载自“宏基因组”公众号，作者朱微金，己获原作者授权。写在前面 作为纯wet遗传学博士，转行微生物组领域已经有两年。目睹微生物组文章中分析所占比重之大，让我痛下决心苦学dry技能。目前...

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-17 10:13

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宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2：官方中文帮助文档

QIIME2是微生物组分析流程QIIME(截止17.9.10被引8335次)的全新版(不是升级版)，采用python3全新编写，并于2018年1月全面接档QIIME，是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准，我们跟着用就好了)

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-13 20:09

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宏基因组-扩增子分析流程：中文首发,史上最详系,零基础自学

本系统文章叫分析解读，即有详细的扩增子分析流程代码，又有本人对使用参数、备选参数意义的解读，可以让大部分人零基础学习并理解数据分析过程，并可亲自实践在自己的课题上，获得更好、更合理的实验结果。

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-13 20:08

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PICRUSt：16S预测宏基因组-扩增子分析锦上添花

16S分析能获得的信息比较有限，一般找到差异OTU，就很难再深入分析了。 如何把差异OTU与细菌自身的基因组功能建立联系呢？很多人在这方面做出了努力。

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-13 20:02

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植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析

本文内容首发植物微生物组公众号，更多阅读欢迎跳转植物微生物组公众号 MWAS简介 微生物组关联分析(Microbiome/Metagenome-wide association studies , MWAS)是指捕获多维尺度上的互作作用，...

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-13 11:59

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Nature：拟南芥微生物组功能研究1培养组学—高通量细菌分离培养鉴定

本网对Markdown排版支持较差，请跳转植物微生物组公众号阅读 背景介绍 在近年来，随着宏基因组技术的发展，对原核生物的纯培养逐渐被忽视，但纯培养对于阐明这些微生物的功能是必需的。 本...

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-13 11:57

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你想要的宏基因组-微生物组知识全在这

本文转载自“宏基因组”，更多文章跳转公众号阅读 宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强本领域的技术交流与传播，推动中国微生物组计划发展，中科院青年科研人员创立“...

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-12 23:03

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扩增子分析神器USEARCH简介

本文中引用统计采用Google学术，统计日期截止2017年10月9日。 Usearch简介 主页：http://www.drive5.com/usearch/ Usearch是什么？它是超快的序列分析软件，在序列比对、聚类、操作等多领域...

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-12 23:01

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扩增子分析还聚OTU就真OUT了，试试unoise3

宏基因组领域是当今热门领域，也正是方法快速发展和变革的时代。之前还把 97%聚类OTU作为扩增子行业的金标准。转眼间各位大佬纷纷向OTU聚类方法拍砖，都不建议再使用。 Feature代替OTU是趋势...

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-12 23:00

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宏基因组分析教程-Analysis of Metagenomic Data

加拿大安大略研究所建立的生物信息网(https://bioinformatics.ca/)，每年组织多场生物信息学线下培训，并线上共享培训资料。有超多生信学习PPT和视频，每一份都价值不菲。2016年6月22-24日，在温哥华举办了宏基因组数据分析专题培训，我们可以点击主页中宏基因组专题栏目的 "Access Content" 访问这次培训的材料。

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• 刘永鑫 发布于 2017-10-12 21:59

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记录宏基因组分析时去除嵌合体没有usearch 64-bit怎么破

在做细菌16S的高通量数据处理时你不得不面对去除嵌合体这玩意，嵌合体是什么鬼，百度一下就知道了，在序列扩增时多数序列是顺着单条序列前进的，如Read1扩增产生新的Read1，Read2扩增产生新的Read2。但有时两条序列也可能缠在一起，扩增时产生的新序列前半段可能属于Read1，后半段属于Read2，形成了拥有两条序列信息的嵌合体序列

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• 祝让飞 发布于 2017-05-22 19:05