Cytoscape——简介
Cytoscape 是一个专注于开源网络可视化和分析的软件。它的核心是提供基础的功能布局和查询网络，并依据基本的数据的结合成可视化网络。
Cytoscape 源自系统生物学，用于将生物分子交互网络与高通量基因表达数据和其他的分子状态信息整合在一起，其最强大的功能还是用于大规模蛋白质-蛋白质相互作用、蛋白质-DNA和遗传交互作用的分析。
通过Cytoscape，可以在可视化的环境下将这些生物网络跟基因表达、基因型等各种分子状态信息整合在一起，还能将这些网络跟功能注释数据库链接在一起。
Cytoscape 的核心是网络，简单的网络图包括节点（node）和边（edge），每个节点可以是基因、miNRA或蛋白质等等；节点与节点之间的连接 (edge) 代表着这些节点之间的相互作用，包括蛋白与蛋白相互作用（pp），DNA与蛋白相互作用（pd）等。
注：Cytoscape安装前需安装Java
主页面
注：版本为cytoscape_3.5.1
主窗口有以下几个成分组成：
菜单栏
工具栏
网络处理面板
网络主视图窗口
属性浏览板块（展示选择的点或边的属性和能够修改属性值）
1.菜单栏：
File菜单：open（打开一个Cytoscape文件）；New（建立一个新的网络，空的或已经存在的网络）；Import（导入网络数据和属性）；Export（输出数据和图）等
Eidt菜单：Undo（撤销）；Redo（重做）；create/destory view (创建/撤销视图)等
View菜单：Hide/Show Control Panel(打开或隐藏网络处理板块)；Show Results Panel(网络浏览)等
Select菜单：不同点和边选择选项；过滤器等
Layout菜单：安排可视化网络，
Plugins菜单：管理插件（install/update/delete）和添加已经安装的插件
注：把需要的插件从网络上下载，并复制到系统盘的Cytoscape程序下的Plugins下就可以使用了。
2.工具栏：
主要为菜单栏file的快捷键：打开、保存、导入(本地、数据库、表格)/导出(网络、表格、图片)以及网络主视图窗口中网络大小调整等
3.网络处理板块：
network：包括所有创建的网络，可以选择相应的网络进行操作
style：属性(node/edge/network)
Node:对点进行设置，包括：点的形状、颜色、大小；点边界线的类型、颜色、宽度；点标签的颜色、大小；点背景色的透明度等
Edge：对边进行设置，包括：边的类型、颜色、宽度；目标处箭头类型等。
Network：对网络整体属性进行设置，包括：背景标题等
Select：面板用于筛选符合特定标准的边
4.属性浏览版块：
查看node/edge/network属性
#以上是对cytoscape主页面的简单介绍，后续增加实例操作和具体应用
- 发表于 2017-09-07 12:26
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- 分类：软件工具
