Cytoscape——美化
Cytoscape美化
应用上篇所得到的网络图进行美化
1.统一模板美化：
采用模板进行简单美化
得到网络图
2.根据数据含义进行美化
根据的molecluar type标注节点所代表lncRNA或者protein
点击网络处理面板中style->node->shape进行设置点的形状，并勾选“Lock node width and height”。
点击网络处理面板中style->node->fill color进行设置点的颜色Column选择“molecluar type”和Mapping Type选择“Discrete Mapping”，并将lncRNA与protein设置成两种颜色区分
根据节点的大小来显示dregee大小，dregee值越大节点直径越大。
同样可以对点进行类似的细化设置(根据下列参数进行设置)
根据correlation的值调整边的颜色：
点击网络处理面板中style->edge->stroke color进行设置
Column设置为correlation，mapping type设置为continues mapping，current mapping(默认为白-黑)
注：可以双击灰色图标进行设置其它颜色，点击set min and max 设置数值，双击图形右上角的倒三角选择最大值显示的颜色；同样双击左上角倒三角选择最小值的颜色；如果需要增加图注，可点击“Add”按钮
同样也可以对边进行细化设置
最后再调整“Layout”得到满意的图
得到网络图：
最后点击菜单栏的图片导出*.pdf（同样可以采用export导出其它格式）
注：注意调整网络图后再保存，否则会出现网络图不完整
- 发表于 2017-09-07 13:01
- 阅读 ( 18421 )
- 分类：软件工具
