数据挖掘CeRNA网络构建数据预处理

TCGA数据据是由美国国家癌症研究所(NCI)及国家人类基因组研究所(NHGRI)联合建立,其包含丰富的肿瘤数据类;ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要数据准备和预处理。

上节课基础已经打好,本章就开始实操

本期视频我们讲解基于TCGA数据构建mRNA-miRNA-lncRNA三元网络关系

1、TCGA数据库中下载好的数据标准化,用到的工具是SangerBox中的简易标准化工具

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2、标准化后的数据介绍,癌与癌旁样本从编号上的区别,第一列ID的命名规则

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3、lncRNA和mRNA数据如何从标准化后的数据中提取,这里同样无需编程,使用便捷ID转换器即可;

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4、lncRNA数据已经准备完成,TCGA中miRNA数据的处理过程。

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本章主要前期数据准备工作,但是我们找到的mRNA、lncRNA和miRNA成千上万,如何从中挑选最具代表意义,请看下讲视频


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  • 发表于 2018-11-16 12:58
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  • 分类:基因组学

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