数据挖掘CeRNA网络构建数据预处理
TCGA数据据是由美国国家癌症研究所（NCI）及国家人类基因组研究所（NHGRI）联合建立，其包含丰富的肿瘤数据类；ceRNA其主要基于竞争性内源RNA假说解释mRNA、假基因、长链非编码RNA之间如何通过miRNA反应元件进行“对话”。本节主要数据准备和预处理。
上节课基础已经打好，本章就开始实操
本期视频我们讲解基于TCGA数据构建mRNA-miRNA-lncRNA三元网络关系
1、TCGA数据库中下载好的数据标准化，用到的工具是SangerBox中的简易标准化工具；
2、标准化后的数据介绍，癌与癌旁样本从编号上的区别，第一列ID的命名规则
3、lncRNA和mRNA数据如何从标准化后的数据中提取，这里同样无需编程，使用便捷ID转换器即可；
4、lncRNA数据已经准备完成，TCGA中miRNA数据的处理过程。
本章主要前期数据准备工作，但是我们找到的mRNA、lncRNA和miRNA成千上万，如何从中挑选最具代表意义，请看下讲视频
- 发表于 2018-11-16 12:58
- 阅读 ( 4006 )
- 分类：基因组学
