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TCGA小工具下载的RNA表达FPKM矩阵，可否直接用于下游分析？还需...
转录本表达定量通常都是通过read比对来做，也有通过kmer做的。可以利用raw counts of mapped read 进行评估，但是这个指标没有考虑基因的长度和其他的因素。RPKM是一个去除了基因长度和文库影响的组内标准化的指标，同样的指标还有FPKM，RPKs，TPM等。主要的软件：Cufflinks,RSEM (RNA-Seq by Expectation Maximization) ,...
回答于 2017-07-31 10:47
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问题：如何解读BDGP预测结果？如需确定真正的转录起始位点该如何...
这个结果是promoter的预测结果。果蝇网站自己带的工具，我不太清楚你预测的是啥物种。 这个结果中将打分小于0.8的去掉了，展示的是大于0.8分以上的结果。建议如果你有后续其他的标准去卡的话，结果都保留，如果没有其他标准就按照分数去卡吧。第一个0.99 分数最好，可靠性最好。 基因组注释干货文章推荐。 https://www.s...
回答于 2017-07-22 10:12
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Circos如何将多倍体基因组的亚基因组画到不同的圈上，有几个亚基...
是这样的。circos 可以将多个亚基因组画在一个圈里。画多个圈，我不太清楚怎么做。
回答于 2017-07-20 16:02
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求助CNV数据分析
1、 明白什么是CNV 对正常人来说，基因组应该是二倍体的，所以凡是测到非2倍体的地方都是CNV。但是CNV本身就是人群遗传物质多样性的体现，所以对癌症样本来说，是需要过滤掉正常人体内的germline的CNV，得到somatic的CNV。 CNV（copy-numbervariant）是指拷贝数目变异，也称拷贝数目多态性（copy-number polymorphism，CN...
回答于 2017-07-03 11:27
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