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在ucsc下载的tcga数据库，怎样简单的用excel做癌组织与正常组织...
这个可以用fold change或者t-test去做。 这一步只是筛选差异基因，还好说。后面关于富集分析，表达网络构建就复杂啦啦。 你研究下，然后根据p值筛选。另外生信人这边有很多的案例，如果有需要可以私信邮箱给我。我发给你，做参考。
回答于 2017-06-22 16:16
为什么这个网址 BioGraph（http://www.biograph.be/ ）打不开？
我看貌似这个网站域名被卖掉了。你要看基因之间的相关作用关系，可以去string：https://string-db.org/ 这个很全。当然如果想构建共表达网络，也是可以的。有问题，可以随时私信给我。
回答于 2017-06-22 16:12
TCGA数据下载之后的处理问题
需要做quantile normalize log2。这个用excel，你看看能不能用公式来处理，这个主要看数据量大小吧。 如果以后你经常性的处理这些数据，建议还是需要学习下R，python等相关的编程语言。这样处理起来方便。
回答于 2017-06-08 16:16
PCR和芯片数据的批次效应，例PCR实验中control可以排除批次效应...
这个是之前讲转录组和芯片的，你看对你有帮助吗。 在生信分析过程中，尤其是转录组分析中，经常会遇到测得数据不足，需要利用公共数据库中已有的数据，那么能将这些数据直接和测序的数据混合吗？如果贸然混合，会有什么问题？ 10年nature有一篇综述，专门讲这个问题。 不同平台的数据，同一平台的不同时期的数据，同...
回答于 2017-06-03 10:00
无参转录组组装后较短，怎样用CEGMA评估？
CEGMA是评估基因组完整性的软件。现在都不怎么用啦，现在都在用busco。软件的大概原理是首先有一个核心基因集，然后对基因组进行预测，将预测的结果和核心基因集（超级保守）去交集。利用重合比例的高低来确定基因预测的完整性。 你首先确定下是不是CEGMA，如果是的话，我感觉你可以拿核心基因集跟你的转录本比一比，看看...
回答于 2017-06-01 22:31
使用genewise 进行假基因预测，如何对DNA序列文件和相应的蛋白序...
这个脚本手头还真没有，我之前有写过注意事项，你看下。统计脚本其实还是很容易的。加油。 1、genewise简介 Genewise软件是大家在基因组项目中经常用到的软件，可能主要用也基因预 测和假基因预测。基因预测以往的文章都提及过，对于假基因预测这部分，也说过，但是总觉得有一些注意的事情没有说清楚，因此在此在写...
回答于 2017-05-24 23:22
新手提问：如何对一个新获得的基因家族进行家族进化分析
一般情况下，你可以查下你这个基因家族的名字，是不是在其他物种中存在。 另外就是利用家族中的某一个蛋白序列去做ncbi做比对，看比对的那些序列所在的家族。 还有就是利用hmmer 做domain注释，模式跟做比对一样，就是提取保守区域去做比对，看能否比对的上。 另外就是你说的家族分析的步骤和过程，你可以去生信人公众号...
回答于 2017-05-24 13:28
寻求TCGA数据库查找基因的操作步骤
官网有指导手册，生信人网站也有相关的几个文章，你看下。 1、TCGA简介 美国政府发起的癌症和肿瘤基因图谱（Cancer Genome Atlas，TCGA）计划，试图通过应用基因组分析技术，特别是采用大规模的基因组测序，将人类全部癌症（近期目标为50种包括亚型在内的肿瘤）的基因组变异图谱绘制出来，并进行系统分析，旨在找到所有致...
回答于 2017-05-04 08:53
人和鼠的基因比较
今天给大家推荐一个神器-LocExpress，研究人和小老鼠的有福气了。 摘要 大家都知道转录本的表达存在时空特异性，因此跟其所处的组织和细胞类型相关。目前已有的在线数据库都是之前计算好的表达量，无法实现对新转录本的定量，而传统的组装再定量方法又过于繁琐。 结果 因此我们开发了LocExpress在线定量工具，...
回答于 2017-05-04 08:51