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TCGA数据库拷贝数数据分析
CNV数据如何找到对应的基因，这个很简单，就是需要一点点linux技术而已： 看这里： http://www.bio-info-trainee.com/2527.html 用bedtools 即可
回答于 2018-01-12 11:27
通过RNA_seq测序数据是否可以推算出基因的外显子突变信息
RNA-seq数据并不能覆盖到所有的外显子，而且因为基因表达量的问题，每个外显子覆盖度差异很大，最后还有一个叫做allel-specific的东西，你需要去搜索学习
回答于 2017-10-19 22:05
使用TCGA简易工具下载breast的solid tissue normal的CNV数据，里...
只有带上了nocnv标签的文件里面存储着的才是真正的somatic CNV。 因为CNV大部分是用芯片测得的，至于你说的不患乳腺癌的reference，我没有get到你的点
回答于 2017-09-26 17:59
请教大家，转录组RNA-seq 差异表达分析R语言代码
所以的代码都在这里了，https://github.com/jmzeng1314/my-R/blob/master/10-RNA-seq-3-groups/hisat2_mm10_htseq.R 这么简单的我从来不注释的，包括edgeR、deseq2、limma包
回答于 2017-09-09 10:18
求直接单独运行R脚本，处理矩阵，对多个探针的取其平均表达量
(⊙o⊙)哦，这个就需要重新写函数咯 BiocInstaller::biocLite('CLL') BiocInstaller::biocLite('hgu95av2.db') library('hgu95av2.db') library(CLL) data(sCLLex) group_list=sCLLex$Disease exprSet=exprs(sCLLex) exprSet=as.data.frame(exprSet) exprSet$probe_id=rownames(exprSet) head(exprSet) probe2sy...
回答于 2017-08-27 13:15
三部曲里芯片探针注释基因ID或者symbol，并对每个基因挑选最大表...
代码不需要修改，你只需要用这个函数即可，rmDupID 这个函数的用法很简单，就是给一个表达矩阵，其中第一列是探针的ID，后面的列是各个样本的表达量数值
回答于 2017-08-26 18:09
如何limma包将矩阵中的Probe_Id转换成Gene symbol呢？这个芯片的...
Probe_Id转换成Gene symbol，看我博客的3个方法： 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor
回答于 2017-08-25 21:40