生信菜鸟团
生信菜鸟团 - 博士在读

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TCGA数据库拷贝数数据分析

CNV数据如何找到对应的基因,这个很简单,就是需要一点点linux技术而已: 看这里: http://www.bio-info-trainee.com/2527.html 用bedtools 即可

回答于 2018-01-12 11:27

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RNA-Seq测序结果怎么进行分析?

可以,很简单, 一个RNA-seq实战-超级简单-2小时搞定!

回答于 2017-10-19 22:08

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外显子测序的从头分析流程--突变

有,从原始数据得到基因突变信息,看这个: ESCC-肿瘤空间异质性探究

回答于 2017-10-19 22:07

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通过RNA_seq测序数据是否可以推算出基因的外显子突变信息

RNA-seq数据并不能覆盖到所有的外显子,而且因为基因表达量的问题,每个外显子覆盖度差异很大,最后还有一个叫做allel-specific的东西,你需要去搜索学习

回答于 2017-10-19 22:05

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GSEA的结果解读?

真的查了好多资料吗?那你应该罗列一下你查的资料,证明一下,我记得我的博客就很多这个的介绍。

回答于 2017-10-19 21:56

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使用TCGA简易工具下载breast的solid tissue normal的CNV数据,里...

只有带上了nocnv标签的文件里面存储着的才是真正的somatic CNV。 因为CNV大部分是用芯片测得的,至于你说的不患乳腺癌的reference,我没有get到你的点

回答于 2017-09-26 17:59

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请教大家,转录组RNA-seq 差异表达分析R语言代码

所以的代码都在这里了,https://github.com/jmzeng1314/my-R/blob/master/10-RNA-seq-3-groups/hisat2_mm10_htseq.R  这么简单的我从来不注释的,包括edgeR、deseq2、limma包

回答于 2017-09-09 10:18

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求直接单独运行R脚本,处理矩阵,对多个探针的取其平均表达量

(⊙o⊙)哦,这个就需要重新写函数咯 BiocInstaller::biocLite('CLL') BiocInstaller::biocLite('hgu95av2.db') library('hgu95av2.db') library(CLL) data(sCLLex) group_list=sCLLex$Disease exprSet=exprs(sCLLex) exprSet=as.data.frame(exprSet) exprSet$probe_id=rownames(exprSet) head(exprSet) probe2sy...

回答于 2017-08-27 13:15

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三部曲里芯片探针注释基因ID或者symbol,并对每个基因挑选最大表...

代码不需要修改,你只需要用这个函数即可,rmDupID 这个函数的用法很简单,就是给一个表达矩阵,其中第一列是探针的ID,后面的列是各个样本的表达量数值

回答于 2017-08-26 18:09

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如何limma包将矩阵中的Probe_Id转换成Gene symbol呢?这个芯片的...

Probe_Id转换成Gene symbol,看我博客的3个方法: 用R获取芯片探针与基因的对应关系三部曲-bioconductor

回答于 2017-08-25 21:40