第一次听说这个GISTIC在线分析工具,看起来很不错呀,这个软件本来就很难用,限制条件非常多。我一般是用本地版的,http://www.bio-info-trainee.com/1648.html 软件下载安装的时候会自带测试数据,你需要仔细研究测试数据,包括探针起始终止等信息,慢慢调整
回答于 2017-08-21 10:30
O__O "…我想你需要的应该是这个R包(survminer ):http://www.sthda.com/english/wiki/survminer-r-package-survival-data-analysis-and-visualization
回答于 2017-08-21 10:27
为什么不用GATK的best practise 呢? 这个soapsnp只有BGI那些人才用的吧
回答于 2017-06-06 17:31
鼠的基因ID可以对应到gene symbol,然后可以对应到人的基因symbol,这个是比较简单的人鼠基因对应做法,还有比较复杂的基因对应,你应该不需要知道。你只需要知道人的TP53基因在鼠里面就是Tp53,所有的基因在人类都是大写字母,在老鼠在首字母大写。 然后 你说要看指定基因列表在人类表达水平,这个问题可以分成很多。 如...
回答于 2017-05-04 14:59
通过Google我找到了可视化方法! 用谷歌搜索来使用ggplot2做可视化(下) 就是上面代码中的ggbiplot和ggfortify包,很容易就把千人基因组按照5个种群给分开了,当然,如果按照26个亚种会很难看,我就不秀图片了!而且其实前两个主成分的贡献度都很低,说明它们两个的把人群分开的作用力不够。 首先是ggbiplot的图片!...
回答于 2017-04-24 19:28
额,ubuntu系统的,我更新过,我觉得centos也应该首先找到最新的源吧,上面的答案可能是错误的
回答于 2017-04-24 19:26
既然你问这种问题,我觉得tcga大文章肯定不适合你看,真心有点难度来。 看bmc,SR,oncotarget,plos one 里面的套路文章吧: https://www.biomedcentral.com/search?query=TCGA http://journals.plos.org/plosone/search?filterJournals=PLoSONE&q=tcga http://www.nature.com/search?journal=srep&q=tcga http:...
回答于 2017-04-24 19:25