• 徐安 2022-10-28 14:54

生存分析时候TCGA-SKCM(N=444) 和 TCGA-SKCM-M(N=347)有什么区别

• wongkj 2022-04-12 11:21

祝老师，我走hisat2+featurecounts+DESeq2得到count矩阵，对ensemble ID进行symbol转换时，存在多个ID对应一个symbol的情况，请问count矩阵应该怎么合并基因count表达值，有代码可以参考吗？

• RNA seq
• count

• wongkj 2022-04-12 11:14

RNAseq 用hisat2+featurecounts+DESeq2流程得到count矩阵，先根据ensembl ID转换成gene symbol，出现多个ID对应一个symbol的情况，需要对基因的count值进行合并，请问可以用什么方法，可以提供下代码参考吗？

• RNA seq
• count

• Leeson 2021-06-21 16:45

cuffdiff产生的转录本表达矩阵转成基因表达矩阵，能否直接用插件Trans Value Sum

• 聂进 2021-04-30 21:56

多个数据集取交集的共表达miRNA怎么计算他的Fold change及p值？

• Shannon 2021-03-05 18:26

10 RNA-seq 差异表达 无重复样本

• ztnano 2021-01-14 15:35

WGCNA临床信息赋值

• WGCNA

• wang 2020-11-14 03:19

ERROR : dim(X)的值必需是正数

• 王生 2020-11-01 16:01

lncRNA重注释问题

• lncRNA
• GEO
• 重注释

• shengxinren_hugh 2020-10-27 16:32

3 TCGA训练集建立riskscore,取中位数分组，将tcga所得riskscore中位数应用到geo验证集无法分组，该怎么解决？中位数

• Lu Bingjun 2020-10-21 23:24

多数据合并去除批次效应工具使用

• dukepck 2020-09-22 22:52

TCGA下载的RNA-seq数据（TXT），如何根据JSON患者数据合并

• TCGA

• Haoda Wu 2020-09-22 18:01

已经按照教程设置了java和R，但是点击“工具”中的内容无响应

• min xu 2020-09-20 13:34

10 做了一次mRNA-seq和一次lncRNA-seq（不同时间段做的），共有3组（空白，模型，药理），发现两次结果的差异基因数差别很大（仅统计mRNA数据），即（mRNA-seq测得的模型和给药组的差异基因数50个，而lncRNA-seq测得的差异基因数为1000），请问下一步应该怎么办，不知道哪次的结果是正确的，困扰了我大半年了，希望好心人帮助我解决这个难题，不然没法毕业了

• 批次

• min xu 2020-09-20 11:01

3 请问样品相关系数用的基因原始数据，是否要取log2

• 科研小小咖 2020-09-13 16:53

5 miRNA数据合并后有两个文件：miRNA Profiling.isoform.merge.count.txt和miRNA Profiling.isoform.merge.txt，如何选择使用呢？

• Huang 2020-08-26 19:29

老师 您好 我想请问为什么我在TCGA上下载的转录组数据合并之后打开tag那一行全都是MMRF_2106-null MMRF_2122-null MMRF_1593-null 这一种 这种类型的我无法判断是肿瘤还是正常组织？请问 是我哪里出错了吗 期待您的解答 谢谢

• zty 2020-08-25 07:21

老师您好，通过v16下载miRNA Profiling ISOFORM，合并后得到两个文件如下图，count之外的文件是FPKM数据吗？

• miRNA

• 张昱 2020-08-02 07:32

5 请问对于小RNA测序来说，如何分析piRNA呢？我将与rRNA，tRNA，snRNA，snoRNA，scRNA，miRNA比对之后剩下的序列与piRBase数据库的序列用bowtie比对之后的，接下来该如何做，怎么接着定量呢？没有注释文件，怎么用htseqcount定量呢？求好心人赐教，已经卡了半个月了

• 梁苏东 2020-08-01 14:26

10 GEO便捷转换器转换GEO数据后再行预后分析出错

• GEO分析