我用GISTIC在线分析工具如图一，seg file是直接从TCGA下载的数据（如图二），markers file是探针文件（有100W行左右，如图三），cnv file不填 然后我每次运行的结果都是错的（如图四），有大神可以告诉我是怎么回事吗？求教 图一...
...前期自己做了基因芯片筛选出三种目标miRNA的情况下，用TCGA的食管癌miRNA数据分析验证这几种目标miRNA不同表达程度的患者的生存情况，以此利用这些miRNA来作为预后的预测指标，所以想自己也尝试一下，但是刚开始接触TCGA有很...
TCGA中某个单独的分子做差异分析，可以用T检验吗？如果可以的话，用什么数据呢？counts还是FPKM？
祝老师，您好！TCGA简易工具下载的目标mirna表达量均接近零，这个时候还能进行生信分析吗？
因为下载后整理后的文件，代表normal的列是杂乱分布的，而我要用edgr包处理，我就改了一下列的顺序，把normal放前面，cancer放后面，然后就报错了，
第一个是显示有1600多个，但我只能下载900个文件 第二个是因为不能用简易工具合并，那应该怎么下一步分析，求给点思路，谢谢
请问下count和fpkm区别在哪，用的r包有什么不同，谢谢！
COX批量生存中说https://www.shengxin.ren/article/209 死亡时间和最后一次随访时间是互斥的，有死亡时间就木有最后随访时间，木有死亡时间的就有最后随访时间。可是我下载卵巢癌的数据并不是那样子啊，有的两个都有是一样的；但...
TCGA里面的下载的临床XML文件是怎么转临床数据文本的？有没有相关的脚本
LGG（brain low grade glioma）和GBM （glioblastoma）都属于脑胶质瘤，如果希望进行分析的话，两种疾病的counts 数据，fpkm 数据（通过小工具下载）。 是否可以合并在一起进行分析？
我现在将TCGA数据和一个GEO数据集的表达量进行校正，用校正后的TCGA数据构建模型，用校正过的GEO数据验证模型。但是如果想用第二个GEO数据去验证，又要重新与TCGA数据校正，这样预后模型就变了啊。如何在不改变TCGA数据的情...
合并时提示“无法合并，格式错误”，请问怎么处理