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在做TCGA-STAD 的 RNA-seq 差异分析的时候出现了这样一个问题

实在是搞不懂了呀,不少人说是数据问题,可是我在用EXCEL查找,- . NA none 都没有查找到 您遇到过这样的问题吗 我实在是找不到解决的方式,请求老师帮忙。

解决 TCGA生存分析时合并临床数据有问题?

学习网站上的教程 https://www.shengxin.ren/article/209 用TCGA数据做生存分析,但是目前用的是V9版本,界面没有ClinicalFull按钮,也没找到替代的,我就点了合并,确实导出了一个文件,不知道这一步是不是有问题,所以导致了后面的问...

关于TCGA下载工具lncRNA的count和fpkm

我在生信人工具下载了rna-count和rna-fpkm的文件,各自合并文件之后转换基因名,得到全基因、lncrna、mrna的count矩阵和全基因的fpkm矩阵,可是我想要lncrna的fpkm值,通过匹配处理之后发现一万五的lncrna count的基因名在全基因的fpkm只...

TCGA下载小工具v16可以合并miRNA profiling下载后的txt文件么

下载了胃癌的miRNA profiling 的txt文件,想请问一下下载小工具v16版本可以将txt文件合并么,下面的文件类型没有txt类型>﹏< 想请问老师怎样可以将miRNA profiling下载下来的文件进行整合合并处理得到RPM值啊<(_ _)>

TCGA数据融合的过程,cmd里面结果显示normal和tumor都是0,得到的结果mRNAmatrix里面只有2字"id”

TCGA数据融合,用Perl做的过程,但是cmd里面结果显示normal和tumor都是0,得到的结果mRNAmatrix里面只有2字"id”,请教是怎么回事

为什么TCGA下载的RNA数据合并之后用便捷ID转换器V3转换之后样本数变少了

一、TCGA下载的RNA数据合并之后用便捷ID转换器V3转换之后样本数变少了 二、RNA数据和临床随访资料的例数不匹配

请问一下TCGA下载工具提取出的临床数据哪个可以看是否做过根治性手术

breast_carcinoma_primary_surgical_procedure_name breast_carcinoma_surgical_procedure_name 是有什么区别呢?

TCGA 成熟体miRNA数据(isoform)为什么同一肿瘤内的不同样本的miRNA数目不一样

     TCGA同一肿瘤的不同样本(癌旁/患者)测得的miRNA数目不一样(比如KICH肿瘤中有1770个miRNA,癌旁样本中有1610个),而且它们的并集miRNA数量也小于miRBase中的成熟体miRNA数量,想问一下,那些没测得的miRNA是因为表达量为0还...

求助...R包RTCGAToolbox 运行Data=getFirehoseData()命令下载Tcga数据出错....

一、各位大侠,小白想用R下载TCGA测序数据进行癌和癌旁基因表达分析,已下载RTCGAToolbox,R3.6.1。 二、下载命令为 Data=getFirehoseData(dataset="THCA",runDate="20160128",clinical=TRUE,RNASeqGene=TRUE,RNAArray=TRUE,Mutation=TRUE)        出错代码为 Erro...

解决 如何从TCGA数据库中,分析染色体拷贝数的变异(如缺失)情况?

我在文献中看到有人根据TCGA数据分析了肾细胞癌的测序信息,得出了3号染色体拷贝数下降的结果。请问这种结果是怎么得出的呢?谢谢老师。 附文献中的原文:doi:10.1038/modpathol.2017.72  “An additional 143 were found to have a 3...

TCGA数据中的很多样本数据缺失,显示为NaN,在做热图或者计算相关系数时应该如何处理?是将该数据删除吗?

如何处理TCGA中原始数据中的缺失

解决 请问下载的TCGA 甲基化数据如何表示某个基因的甲基化水平呀,是该基因所有位点Beta值的均值吗?

向各位大神请教TCGA样本数据库里有DMFS的信息如何找到,我只找到了OS和RFS?谢谢

解决 关于TCGA下载工具里的ENSG-ID转换,请问只能自己一个个的选中转换么?不能批量转换么?

能不能把TCGA病理临床资料详细解读发我一份?临床的搞科研不容易啊,谢谢670368358@qq.com