想问一下使用IGV分析的数据在TCGA上对应哪一块？感激不尽
用TCGA的表达谱去做GSEA分析，比如按照TP53基因高表达组和低表达组，看下有哪些通路富集，这个高表达和低表达是指按中位数分的两组吗？还是最高的25%和最低的25%？还有用GSEA工具做出来后引用的时候，引用什么文献？
...片表达基因计算的。芯片的数据我是直接拿来做输入的，tcga mRNA数据我不知道应该输入counts，FPKM还是TPM？ GeneSymbolB_cellsT_CD4T_CD8T_gamma_deltaNKMoMaDCgranulocytes MARCH1 172.250 7.960 9.070 8.330 8.260 345.170 61.730 A2M-AS113.090 29.750 270.020 147.540 1...
...异非常大，甚至几百倍； 2.cBioportal的数据是来源于TCGA，而TCGA的数据是有经过RPKM处理的，所以cbioportal数据是不是今年两次处理即RPKM和RSEM还是仅仅一次，即RSEM； 3.如果RSEM数据可以直接进行差异基因分析，选择哪一种函...
批量生存分析工具分析TCGA数据，结果出现HR值非常大，有上亿的，也出现了置信区间小于0的情况，请老师帮忙看看是我的数据处理出现问题了吗？可以怎么解决呢？做归一化？
使用TCGA简易工具下载breast的solid tissue normal的CNV数据，里面分为grch38.seg.txt和nocnv_grch38.seg.txt，想问一下这两个格式的文件有什么区别？我想做一个不患乳腺癌的reference，需要用到什么文件呢?
我正在学习《合集:零代码进行免疫微环境评》，老师选用的是TCGA的芯片数据集，请问高通量测序的数据不适合吗？是因为R代码只能分析芯片数据集吗？
我是用"TCGAbiolinks"这个包在TCGA数据下载的RNA-Seq数据，类型是HTSeq - FPKM，代码如下： projectid<-"TCGA-UVM"query.count<-GDCquery(project = projectid,data.category = "Transcriptome Profiling",data.type="Gene Expression Quantification",workflow.type="HTSeq - FPKM") GDCd...
老师您好，请问在哪里可以下载V10版本？因为我想下载TCGA-miRNA 3p 5p的数据
从TCGA下载了FPKM要怎么判断每个标本的某一特定基因量是高表达还是低表达。就是想知道在这所有样本里高表达有几个低表达有几个
目前要用TCGA转录组表达谱数据做差异表达，本来要选择DESeq或edge R，它们要求数据是raw count，用生信人开发的小软件也可以很方便的下载，但是在过滤低丰度基因的时候遇到一个问题：到底多少count以下是属于低丰度呢？我个人...