tcga下载数据，合并文件，通过ID便携转换，为什么需要转换的有60488，转换成功的有19814呢？转换导出的时候很久没有弹出转换完成，任务处理器关闭的时候显示转换完成，但是数据一定是没有下载全的，我要继续等么
在TCGA下载工具获得数据并转化成TPM 文件后（Merge_Matrix.TPM），需要进行ID转化，但将上述的文件在便捷ID转化中总是出现图片所示的问题，请问如何处理？
将TCGA上下载的基因数据整理后得到A基因的P值＜0.05，logFC大于2，通过查阅文献发现A基因与肿瘤的生存预后相关。但将原始数据导入批量生存分析软件，运行后得出的基因生存数据中却不含A基因，请问这是什么原因，请求大神指...
已经通过TCGA小工具下载了AML的数据，但是好像都是非正常样本(如图)，请教在哪儿可以下载到AML正常样本数据。
利用sanger box进行TCGA数据分析，数据已下载，想利用DE center进行差异分析。 sanger box已登录，点击DE center显示软件已启动，如下： 但没有DE center运行框出来啊？ 请教是什么问题，如何解决？感谢！
您好，老师！利用你们的软件，下载了TCGA上的临床数据，准备提取其中days to last followup数据来计算肿瘤病人Overall Survival，但发现days to last followup竟然有负值，并且几个病人是仍然活着的，所以不知道这个负值到底是什么意思，...
GSEA分析，TCGA数据库分高表达低表达两组，做GSEA全部富集在高表达组，低表达组为0基因集，zero cross 也极篇右，求问是什么原因造成的？用 另一种基因的表达分类再跑结果正好完全相反。请大神们帮帮忙！！跪谢！
做免疫浸润的软件(Estimate等)适合分析血液肿瘤吗？TCGA里的血液肿瘤(急性粒细胞白血病)测序数据做免疫浸润，但是白血病的肿瘤细胞是原幼粒细胞，也属于免疫细胞，那immune score （肿瘤组织中的免疫细胞浸润）得出的结果会...
同时批量生存分析和WGCNA用mRNA-seq中FPKM,后期差异分析又要用count数据，要同时下载FPKM和count数据吗？
...score=∑xi* βi(xi 是基因表达 βi 是coefficient).：比如，在TCGA 的单因素分析结果里提取了100个基因去做多因素分析，这时多因素分析的结果有5个基因，这五个基因都对应有β值，这个β值是不是直接用到GEO数据去验证呢呢？ 还是...
按照视频同步处理TCGA下载数据，在group=c(rep("normal",113),rep("tumor",1109)) > design <- model.matrix(~group) > y <- DGEList(counts=data,group=group) 报错：Error in .isAllZero(counts) : counts must be positive finite values 后来发现是在上一步：data=da...
我下载的TCGA的RNAseq，按照教程里的步骤，可是一转换就卡在0% 请问这样要怎么解决呢？？？
我用edgeR包分析TCGA里的counts数据，分析出来一个基因logFC=3点多，p值也很小，但是当我把这个基因单独拎出来，exp取log2+1，用500多个癌症样本和40多个癌旁样本比较做出来的小提琴图显示两组p值没有差异，请问有这种可能吗，还...