在TCGA上下载胰腺癌（PAAD）的转录数据，用的是GDC-client的方法，files文件是912个，case文件是178个，用代码处理寻找*.counts结尾文件后倒入到data in one 的文件夹中是182个，我想请教一下产生这个问题的原因是什么，再有就是我下...
老师，你好，请问用生信人软件下载的TCGA的CNV数据如何找到对应的基因？
肿瘤基因组图谱（TCGA）计划是由美国National Cancer Institute（NCI）和National Human Genome Research Institute（NHGRI）于2006年联合启动的项目，研究的癌症类型从最开始的多形性成胶质细胞瘤（GBM）到现在为止共有39种，涉及29种癌症器官，...
哪位大神能解答下TCGA HT-seq count矩阵用quantil与Z-score标准化有啥区别，我是用的limma包处理的count矩阵，用的quantil标准化，如何用Z-score标准化怎么弄，求代码。
请问有ICGC的下载和TCGA一样是公开免费的吗？数据结构有什么差别吗？因为TCGA上的样本有限，想多一个来源的做validation组。感谢大神指教！
请问从生信人工具下载的microRNA表达谱及临床数据，需要对microRNA表达谱进行对数转换？log10?
请问各位老师，下载了TCGA FPKM数据，准备用来做差异分析，生存分析，问题是：如何清洗数据，是根据 FPKM 平均表达值大于1吗？还是 FPKM数据进行TPM归一化后清洗，归一化后怎么清洗数据，请各位老师指导，困惑了很久不知...
...前期自己做了基因芯片筛选出三种目标miRNA的情况下，用TCGA的食管癌miRNA数据分析验证这几种目标miRNA不同表达程度的患者的生存情况，以此利用这些miRNA来作为预后的预测指标，所以想自己也尝试一下，但是刚开始接触TCGA有很...
1、感谢：我成功下载了“简易TCGA下载工具V2”。 2、但是，解压文件后，按照说明，双击“main”exe文件后 出现“图1”： 3、请问：如何解决问题？ 谢谢！
号外！号外！TCGA下载工具V12的升级版本上线啦，以后将在SangerBox中更新啦！！ 首先我们登陆SangerBox -> 其他 -> 生信人VPN定制化客户端（详细操作见下面链接） 生信人VPN定制化客户端教程 目前依本版无法支持GEO数据下载，...
使用TCGA简易下载工具 下载其他类型据都可以下 但只要一下载突变SNV的数据 就一直在断线重连 等多久都没有用 网络没有问题 换了一台电脑也是一样
你好，学生最近在做WGCNA做到模块与临床信息相关联时遇到困惑，想问一下面对TCGA临床资料里的非数值型变量该如何处理，谢谢！