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您好,我用TCGA写了一篇生信分析文章,杂志社要求我在材料和方法中提供人体研究的机构批准文号

用生信人工具TCGA筛选出的差异基因只显示TOP100的差异基因的表达矩阵,怎么导出差异基因的表达矩阵

请问各位老师cBioportal中下载的TCGA肺癌数据有多种来源到底下载哪个还是说随便哪一种都行?如图中划线数据。

解决 请问在TCGA下载的BRCA的Counts数据中出现了几个不一样的Barcode,这个是什么情况?可以把这几个样本删除吗?

例如,TCGA-A7-A0DC-01_Rep917,这个Rep917代表什么意思?这几个样本如果数量不多的话可以直接删除吗?

TCGA简易工具下下来的CNV数据中的segment_mean是和正常组织比对之后的gain/loss的倍数吗?能否直接拿来作图?

TCGA简易下载工具下下来的CNV数据中的segment_mean是和正常组织比对之后gain/loss的倍数吗? 还要做其他的分析吗?能否直接拿来作图?

简易TCGA下载工具V8版升级简要说明

...的版本在SangerBox中,下载地址: http://sangerbox.com/ 简易TCGA不知不觉已经更新到了第八个版本,之所以更新无非是有很多同志们遇到了各种各样的需求 图中是V1-V6各个版本的细节修正问题,到了V6版本基本上已经较为完善 V7:版...

解决 自己下载的TCGA临床数据,一种是一个JSON文件,一种是很多个XML文件,怎么把它们转化成表格形式呢?

各位老师不吝赐教。谢谢

老师,怎样在TCGA下载某个基因与某个肿瘤的临床病理相关性以及该基因在肿瘤中的表达情况?

比如下面图中所说的,AKT3在胃癌中的表达情况怎么下载?具体到某个基因在某个肿瘤的表达水平,求老师指导?(菜鸟怕自己说不清楚)

TCGA简易下载工具使用总结

TCGA简易下载工具上线一周,有许许多多的同志们使用它来下载TCGA数据,也有部分同志反应了一些问题,也是这些问题让这个工具更新到了第六个版本,经过六次的更新,也解决了不少在极端情况下的下载使用问题,现在总结一...

TCGA miRNA数据下载后数据与其他途径下载不匹配

您好,祝老师! 按照您的建议,我今天尝试了用你们的下载工具下载了miRNA数据,下载后利用软件自带合并功能,产生了一个合并TXT文件,用Excel打开后,发现有错位现象,并且产生了一列无用的YN信息,最后两列数据没有抬头...

请问TCGA上下载的临床数据里的药物治疗的开始时间为什么都不是第一天?

假设临床数据中紫衫醇和顺铂的方案的开始时间最早,是第89天,最初治疗后的肿瘤进展时间是第224天,请问这个紫衫醇加顺铂的方案可以看做最初治疗吗?如果不能,那个224天是从什么时候开始算的呢?

请问在TCGA数据库中的RNA-seq中下载的mRNA基因表达谱数据是芯片数据还是测序数据,谢谢

TCGA数据标准化之后的箱线图是这个样子的,哪位大佬帮我看一眼这是怎么回事,该怎么解决,感激不尽!!

R代码的编写

请问大家知不知道怎么用R把 TCGA.AA.3982.01中的 .01设置为空,也就是把TCGA.AA.3982.01变成TCGA.AA.3982这种格式。我试了半天,觉得自己的思路挺对但是结果出不来。

利用生信人TCGA下载工具获取基因表达数据,下载前看到共有529个样本,合并后的数据只有256个样本名,为什么呢?

利用生信人TCGA下载工具获取基因表达数据,下载前看到共有529个样本,下载完529个压缩包合并后,发现EXCEL中只有256个样本,为什么呢? 临床数据下载前是522个样本,下载合并后有522个样本。这说明有一部分随访的病人没有进...