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从firebrowse上下载tcga转录组学的数据,是具体选择哪些呢?见下图,是选择mRNA seq 然后下载第二张图中的倒数第二条还是倒数第四条或者其他的呢

关于提取TCGA的maf文件中的基因突变信息

请问各位大神,我这个perl脚本是用于提取maf中的基因突变信息的,但是这个脚本却提取不出,请问代码的问题出现在哪里呢,谢谢! use strict;use warnings; my $file=$ARGV[0];my %hash=();my @sampleArr=();my %sampleHash=();my $gene="all"; my @samp1e=(loc...

解决 关于数据下载后导入EXCEL中有大量数据空白的问题

是否为软件算法导致?还是TCGA中数据本来就是缺少的?本人无法登陆TCGA官网查看,请了解的前辈解答 (TCGA-COAD,clinical数据,V7工具箱整合版,V8单独软件版都试过:有459样本,但无一列外,遇到“new tumor”项就语焉不详,大...

TCGA中胶质瘤的临床病理学数据如histology, gender, age, survival information and IDH1 gene mutation status, 1p/19q codelet, GeneExp subtype等在哪里下载提取

TCGA下载的FPKM数据分析差异基因表达不是不符合正态分布吗?不能用Limma,或T检验分析差异基因,同时也不能用DEseq或edgeR分析,那如何分析FPKM数据的差异表达?

TCGA的乳腺癌临床数据做生存分析时,用A1_OS,A2_Event 和vital_status,days_to_last_followup这两种都可以吗

TCGA的乳腺癌临床数据做生存分析时,用A1_OS,A2_Event 和vital_status,days_to_last_followup这两种都可以吗

求助:TCGA数据差异分析,DEseq和edgeR包都运行失败

用的64位工具盒,下载TCGA RNAseq counts数据,根据临床数据分组,想做差异分析。昨天试用DEseq运行了1个多小时抱失败,今天使用edgeR包,结果如下: 运行R命令:"F:\Research\sangerbox/source/softs/R-Portable/App/R-Portable/bin/Rscript.exe" "F:\dec_tm...

boxplot运行成功后只有txt,没有图片

...\2018-05-28-15-04-51-5b0baa133e30a\boxplot.r" "D:\scentific research\ceRNA\TCGA-LAML" "success_gene expression-tpm.txt" "GeneExpression" "001a80"R语言运行结束D:\scentific research\ceRNA\TCGA-LAML\GeneExpression boxplot.jpg (系统找不到指定的文件。)导出成功运行完毕开始运行...

祝老师,用TCGA的乳腺癌临床数据做生存分析时,用A1_OS,A2_Event 和vital_status,days_to_last_followup这两种都可以吗

便捷ID转换器-V3使用教程

便捷ID转换器主要功能是将TCGA或GEO数据库中的Gene ID转换为Gene Symbol。 首先是对便捷ID转换器简介 1:输入表达矩阵文件,如TCGA下载肿瘤样本数据或GEO数据库下载数据; 2:输入背景文件,主要输入GEO数据时需要添加对应GPL平...

安装TCGA简易下载工具V8遇到报错,以下内容为报错日志

...   File "Main.py", line 23, in <module>   File "com\sxr\webs\RestTCGA.pyc", line 9, in <module>   File "requests\__init__.pyc", line 52, in <module>   File "requests\packages\urllib3\contrib\pyopenssl.pyc", line 47, in <module>   File "cryptography\x509\__init__.pyc...

老师,您好,tcga lihc id转换开始分析用的是旧版的,得到24000左右的基因然后分析投稿被修回;试用新版的取蛋白编码基因只得到19000多。旧版的可以使用吗?差了几千个基因差别是在哪里呢?

怎么下载临床随访信息

通过各种VPN连接,包括工具盒内的,都无法搜索到TCGA临床随访信息;到TCGA的网站也是该页无法显示,请问有什么办法可以下载Bladder Urothelial Carcinoma的临床随访信息?想做个生存分析,谢谢各位大神

数据挖掘CeRNA网络构建数据预处理

...基础已经打好,本章就开始实操 本期视频我们讲解基于TCGA数据构建mRNA-miRNA-lncRNA三元网络关系 1、TCGA数据库中下载好的数据标准化,用到的工具是SangerBox中的简易标准化工具; 2、标准化后的数据介绍,癌与癌旁样本从编...