...据。GEO主要包含各种芯片数据，也有少部分测序数据，与TCGA的差别在于TCGA只包含人的数据，而GEO是多物种的，GEO上有各种平台的数据，而TCGA只有测序数据，芯片数据的数据量较小，而TCGA的测序数据数据量较大。 GEO提供的...
...准：人类胃组织样本；包含对照组；每套至少10例样本；TCGA数据集：从癌症基因组图谱（TCGA）获得含有375个GC样品和32个匹配的癌旁样品的RNA-Seq数据。4.差异基因分析5.差异基因富集分析6.PPI网络互作分析7.DEG(差异表达基因)预后...
请问， 1. 做生存分析是要用TCGA直接下载的所有基因做，还是用差异筛选后的基因做？，对于同一个基因来说前后两种做法的生存分析结果是一样的吗？ 2. 用FPKM做mRNA和LncRNA的相关性，需要对FPKM数据归一化吗？
在转换TCGA数据时出现如上提示，请问各位大神这是什么原因？万分感谢
想问一下使用IGV分析的数据在TCGA上对应哪一块？感激不尽
用TCGA的表达谱去做GSEA分析，比如按照TP53基因高表达组和低表达组，看下有哪些通路富集，这个高表达和低表达是指按中位数分的两组吗？还是最高的25%和最低的25%？还有用GSEA工具做出来后引用的时候，引用什么文献？
摘要：TCGA新版的数据中的ID是ENSG的，那么怎么获取其中非编码RNA尤其是lncRNA、假基因的表达信息呢，首先你得从TCGA的表达数据中提取出这些ncRNA，那么第一步就是你要知道哪些是ncRNA，所以这里介绍这样的一种可行的方案，先提...
...mRNA在WHO II-IV级胶质瘤中的表达水平，数据来源分别是TCGA (n = 669), CGGA (n = 325), Rembrandt (n =510).与低级神经胶质瘤（LGG）样本相比，观察到HVEM在GBM中显着上调（P<0.001）。在TCGA和CGGA队列中，WHO III级的HVEM表达也高于WHO II级病例...
批量生存分析工具分析TCGA数据，结果出现HR值非常大，有上亿的，也出现了置信区间小于0的情况，请老师帮忙看看是我的数据处理出现问题了吗？可以怎么解决呢？做归一化？
...掉里面内容，比如我们只想提取这三个样本的甲基化值 TCGA-BC-A10Z-11 TCGA-ZP-A9CY-01 TCGA-DD-A115-01 则如图设置： 点击运行并保存即可得到对应的矩阵 比如我们同时只想提取矩阵中某几行如 cg19599226 cg01156077 cg13479358 则设置如下...
我正在学习《合集:零代码进行免疫微环境评》，老师选用的是TCGA的芯片数据集，请问高通量测序的数据不适合吗？是因为R代码只能分析芯片数据集吗？
...群的患者鲁棒性的划分为不同的生存亚群。作者使用来自TCGA的RNA-seq，miRNA-seq和甲基化数据，对360 例HCC患者构建基于DL的生存敏感模型，其预测预后的效果不亚于考虑基因组学及临床数据的替代模型。 研究涉及了6个样本群...
...APOBEC特征的患者的TMB和NB均大于无APOBEC特征的患者。 4.在TCGA队列中进一步验证APOBEC突变特征 图4 在文章的最后一部分，作者使用TCGA数据对APOBEC突变特征进行了进一步验证。TCGA中NSCLC队列有998例具有匹...
老师您好，请问在哪里可以下载V10版本？因为我想下载TCGA-miRNA 3p 5p的数据