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存在cdf文件的芯片数据，但没有R包构建R包并安装cdf

关键命令： BiocManager::install('makecdfenv') library(makecdfenv) make.cdf.package("GPL15048_HuRSTA_2a520709.CDF.gz", "hursta2a520709cdf", species = "Homo sapiens", compress = T...

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• 祝让飞 发布于 2020-09-04 20:28

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分享一段从KEGG通路中提取基因互作数据的R代码

从KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）网站上获得差异表达基因所富集通路的XML文件。使用R包XML提取这些XML文件中的relation，entry和group关系。然后利用脚本组合它们从中提取其...

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• 祝让飞 发布于 2019-03-21 15:10

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服务器里删过SSL的后遗症,R不能正常的安装包了，错误：status was 'Peer certificate cannot be authenticated with given CA certificates

技术不小心删了openssl，然后没挽救回来，通过各种折腾终于能进系统了，各方便都感觉修复了，唯独这个R无法正常的使用install.packages和biocLite来安装依赖包，究其原因则是CA证书错误，status...

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• 祝让飞 发布于 2018-10-11 11:18

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医学统计学-卡方检验

1. 卡方分布当自由度趋于无穷大时，图形趋于正态分布 # 产生服从卡方分布的观测数为1000的样本 df_n <- seq (1 , 5 ) chisq_data <- function (n ){  x <- seq (- 0.2 , 16 , length = 300 )  prob &lt

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• 生信 发布于 2018-08-30 08:58

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生物信息之程序学习

作为本科学生物，后来转行生物信息的人，经常会被人问起，为啥学习生物信息了呢？这背后通常会带着一些困惑，生物信息分析好不好学？我读书的时候，实验室纯计算机出身的人员只占很小

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• shengxinbaodian 发布于 2018-08-27 20:18

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ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)

作者：严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源 编者按：数据可视化是解析、理解和展示数据不可缺少的一部分。炫或不炫看个人喜好和功

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• shengxinbaodian 发布于 2018-08-23 19:06

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UCSCXenaTools包用法介绍——搜索与下载TCGA、GDC、ICGC等公开数据库数据集

下载UCSC Xena公开数据集

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• 王诗翔 发布于 2018-08-07 15:36

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学R学系列-03-R，Git和Github（下）

R，Git和Github

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• 文虎 发布于 2018-06-15 21:15

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学R学系列-03-R，Git和Github（上）

R，Git和Github

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• 文虎 发布于 2018-06-15 21:12

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生信宝典文章集锦

生信学习教程，视频

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• shengxinbaodian 发布于 2018-04-23 19:01

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学R学系列-02-R的主要数据结构

简要梳理R中常见的数据结构

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• 文虎 发布于 2018-03-17 22:56

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我学习的R与shell编程笔记，也许可以帮助想要接触的你

在这年末之时，我将之前的笔记都进行了整理和排版，对一些文章进行了删改。感谢简书君，给我的两本笔记加上了连载权限，现在大家已经可以像看一本书一样阅读我写下的东西了。

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• 王诗翔 发布于 2018-02-07 20:35

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学R学系列-01-正则表达式

R语言学习教程-[学R学]：正则表达式

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• 文虎 发布于 2018-01-26 21:38

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学R学系列-序

R语言学习教程-[学R学]：序

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• 文虎 发布于 2018-01-26 21:36

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使用linux终端下载GEO数据

Bioconductor的GEOquery几个常用函数可以实现GEO数据的下载，但有时候我想直接通过终端下载而不是使用Rstudio然后运行脚本的方式，所以下面用shell脚本对GEOquery两个下载函数getGEO()以及getGEOSuppFiles()进行了简单的封装。

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• 王诗翔 发布于 2018-01-16 13:50