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在做GEO数据挖掘的时候经常会遇到注释信息很老的芯片平台,或者有些芯片平台压根就没提供基因的注释信息,此时要使用这样的芯片着实不好办,我今天就遇到这样的一个芯片平台https://www.ncbi.nl...
我们做芯片数据分析的时候经常会遇到有些基因芯片根本没有geneSymbol,或者有些lncRNA芯片根本没有像样的名称,故此对我们后续的分析也造成了不少的麻烦,基于此 我们可以通过序列比对的方式将...
这里以GPL570为例 首先我们需要下载GPL570的探针序列: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL570 找到官网链接: 点击进入官网,搜索探针序列:fasta 点击下载,即可得...
做生物信息一项必备的技能是寻找可用的数据,很多时候手头的数据不够,有很多的公共数据库数据可以使用,如何充分利用这些公共数据则显得尤为重要,GEO数据库中有大量的芯片数据,很多常见的芯...