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上一节课已经成体系的讲解数据下载到处理完成完整过程,本节可开始讲解如何一键式WGCNA工具使用。1、WGCNA方法总结;2、一键式WGCNA操作说明;3、结果的解读以及参数的调试;4、目标模块分析。
一键式WGCNA总共需要输入两个文件,九个参数,界面如下: 1、表达谱文件:一个表头为样本,第一列为基因名称的表格矩阵 2、样本文件:一个第一列为样本,后面各列为定义的为样本表型的矩阵...
WGCNA加权基因共表达网络分析主要用来分析不同样品之间基因关联模式的系统生物学方法,WGCNA适用于复杂的数据模式,15个样品以上的数据,利用数千或近万个变化最大的基因或全部基因的信息识别感兴趣的基因集,并与表型进行显著性关联分析,优势在于一是充分利用了信息,二是把数千个基因与表型的关联转换为数个基因集与表型的关联,免去了多重假设检验校正的问题。
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