快速差异分析工具——limma包

limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具,目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法,它既可以对芯片数据进行差异分析,也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。

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研究背景


今天给大家介绍的是用  R程序包limma[1]差异分析 limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具,目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法,它既可以对芯片数据进行差异分析,也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。


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http://sangerbox.com/Tool     点击“limma快速差异分析工具

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操作方法

1.输入数据格式表达矩阵:GEO数据-GSE54388为例进行说明,行名为Gene Symbol,列名为样本名称,如下图所示

attachments-2020-05-9WPeaya95eccf1d136117.png
2.分组矩阵:共两列,第一列为样本名称,要与表达矩阵的样本名一一对应;第二列为样本的分组信息,要将分组信息进行排列。例如本例中,将所有的样本名称分为normaltumour,必须要将个组的样本名写分开不能交叉着写。

attachments-2020-05-TVtkg3IR5eccf11861943.png
3.参数设置
attachments-2020-05-pt8Pqyox5eccf7323af7c.png4.在个人中心的结果目录,如果事先不指定运行结果目录,默认输入到limma_DEG目录下,结果如下图所示
attachments-2020-05-auzFtHUQ5eccf91ecb898.png
attachments-2020-05-J7JvOZsE5eccffec71053.png

特别注意:

1)      如果是以文件的格式将数据导入到云平台,平台默认无法读取Excel中的数据,必须将Excel文件转为以制表位符分割的文本文件,否则小工具将无法运行。

2)      将文件从本地上传到网站上应注意文件名只能用字母、数字或下划线命名不能有空格等特殊字符命名,否则将上传失败。

3)      小工具仅支持两组之间(如normaltumour)之间作品差异分析。

4)      一般来说limma主要用于芯片数据格式和高通量测序TMP数据的差异分析

  • 发表于 2020-05-26 19:47
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  • 分类:软件工具

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