快速差异分析工具——limma包
limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。
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研究背景
今天给大家介绍的是用 R程序包limma[1]差异分析 limma包是2015年发表在Nucleic Acids Resarch一个做差异分析的工具，目前引用次数高达七千多次。Limma包是基于voom的算法，它既可以对芯片数据进行差异分析，也可以对转录组高通量测序数据进行差异分析。
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操作方法
1.输入数据格式表达矩阵：以GEO数据-GSE54388为例进行说明，行名为Gene Symbol，列名为样本名称，如下图所示
2.分组矩阵：共两列，第一列为样本名称，要与表达矩阵的样本名一一对应；第二列为样本的分组信息，要将分组信息进行排列。例如本例中，将所有的样本名称分为normal与tumour，必须要将个组的样本名写分开不能交叉着写。
3.参数设置
4.在个人中心的结果目录，如果事先不指定运行结果目录，默认输入到limma_DEG目录下，结果如下图所示
特别注意：
1) 如果是以文件的格式将数据导入到云平台，平台默认无法读取Excel中的数据，必须将Excel文件转为以制表位符分割的文本文件，否则小工具将无法运行。
2) 将文件从本地上传到网站上应注意文件名只能用字母、数字或下划线命名不能有空格等特殊字符命名，否则将上传失败。
3) 小工具仅支持两组之间（如normal与tumour）之间作品差异分析。
4) 一般来说limma主要用于芯片数据格式和高通量测序TMP数据的差异分析
- 发表于 2020-05-26 19:47
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- 分类：软件工具
