如何极其简单的使用GEO数据来做差异分析
新版本DECenter使用看这里：https://www.shengxin.ren/article/207
无论你是要看某个基因是否差异表达或者筛选某个GEO数据集的差异基因，这个方法绝对能够帮助你事半功倍
首先假设你已经找到了一套数据GSE32323
这套数据共包含44个样本，其中有17个配对的癌与癌旁样本
我们先下载数据，如图
然后使用GEO芯片数据转换器提取出表达矩阵和样本信息表 （不会提看这里）如图：
打开SampleInfo.xls文件编辑样本顺序和分组
最终修改后的样本信息表为（为什么cancer排在前面？软件默认前面比后面啊）：
然后使用DECenter(下载链接：http://gap.shengxin.ren/tool/10/)进行差异分析
打开，长这个样子
看似需填项比较多，其实无非就四步
1、选择表达矩阵
2、选择样本信息表（因为你要告诉软件怎么分组的嘛）
3、选择筛选差异的方法，如果是芯片数据当然选择limma了，如果是RNA-Seq的counts数据，选择DESeq2或者edgR也行啊
4、选择样本分组列，然后选择结果保存目录点击运行就行了
示例如下：
等提示跑完，打开结果保存的目录
总共得到三个文件
1、cancer-vs-normal.limma.txt：这是cancer比normal的所有基因差异结果
2、cancer-vs-normal.limma_Dif.txt：这是根据咱们在软件选择的阈值筛选之后的差异结果
3、cancer-vs-normal.limma_TopExp.txt：这是提取的最差异的基因的表达谱
得到了差异结果之后，我们要对结果进行一个展示吧
先拿cancer-vs-normal.limma.txt使用火山图制作工具做个火山图，教程看这里：https://www.shengxin.ren/article/174
再拿cancer-vs-normal.limma_TopExp.txt使用热图绘制工具画个热图：教程看这里：https://www.shengxin.ren/article/165
导出图片，放到PPT中就可以向老板汇报了
- 发表于 2017-09-28 10:48
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- 分类：软件工具
