肿瘤研究不能不知道的TCGA数据库挖掘工具大全,TCGA再也不愁!

TCGA数据库的挖掘工具层出不穷,从数据下载到数据挖掘,这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全: http://www.cancerimagingarchive.net/ The Cancer Imaging Archive (TCIA) TCIA存储...

TCGA数据库的挖掘工具层出不穷,从数据下载到数据挖掘,这里小编给大家整理一份官网的数据挖掘工具大全:

  1. http://www.cancerimagingarchive.net/ The Cancer Imaging Archive (TCIA) TCIA存储了TCGA病人的影像学资料,如MRI,CT等,

    以DICOM文件格式存储,还提供与患者结果,治疗细节,基因组学,病理学和专家分析等图像相关的信息。

auto-orient

2.

https://www.tcpaportal.org/ The Cancer Proteome Atlas (TCPA)

由MD Anderson Cancer Center开发的用于TCGA蛋白质组学数据下载,挖掘可视化的网站。

auto-orient

3.

http://www.cbioportal.org/ cbioportal大家比较熟悉啦,

由Memorial Sloan-Kettering Cancer Center开发的用于TCGA数据下载,分析挖掘可视化的强大工具。

auto-orient

4.

http://portals.broadinstitute.org/tcga/home Copy Number Portal

由大名鼎鼎的Broad 研究所开发的用于探索TCGA数据拷贝数变异的网站,支持GISTIC 分析。
auto-orient

5.

https://bioinformatics.mdanderson.org/main/FASMIC FASMIC数据库,

由MD Anderson Cancer Center开发的用于分析突变数据的网络平台。

auto-orient

https://bioinformatics.mdanderson.org/main/DeMixT DeMixT是一个R软件包,

可对来自两个或三个组分混合物的转录组数据进行解卷积,估计单个样品的组分特异性比例和表达谱。

http://gdac.broadinstitute.org/ Firehose 由Broad 研究所开发的一套处理和分析大规模基因组和蛋白质组数据的方法和流程,可提供数据下载。

auto-orient
http://firebrowse.org/ Firebrowse 由 Broad研究所开发的用于TCGA数据挖掘可视化的网络平台,
提供基因表达,突变等综合挖掘分析功能,类似于cBioportal.
auto-orient

https://github.com/khuranalab/FunSeq2_DC FunSeq2 由Weill Cornell Medicine 开发的一个用于探索突变和非编码变异的工具,以多种肿瘤基因组数据为背景。

http://software.broadinstitute.org/software/igv/ 由Broad研究所开发的Integrative Genomics Viewer (IGV) 一种高性能可视化工具,用于交互式探索大型集成数据集。

auto-orient









原文引自:https://www.jianshu.com/p/b4255c16836a







  • 发表于 2019-03-21 12:36
  • 阅读 ( 325 )
  • 分类:默认分类

0 条评论

请先 登录 后评论
不写代码的码农
余繁荣

4 篇文章

作家榜 »

  1. 祝让飞 104 文章
  2. 合肥国肽生物 87 文章
  3. 刘永鑫 64 文章
  4. SXR 44 文章
  5. 调研图 37 文章
  6. 生信分析流 31 文章
  7. 张海伦 31 文章
  8. 爽儿 25 文章