SesameFG：芝麻功能基因组学的综合数据库
芝麻（Sesamum indicum L.）含油量高，基因组小，生长期短，是油料作物遗传研究的优良品种。随着测序技术的发展，芝麻基因组学和功能基因组学的研究近几年来迅速发展，同样面临的一个问题是这些结果分布在许多不同的杂志，缺乏一个系统的整合，这个生信人之前同样提过。今年五月份，由中国农业科学院油料作物研究所在Scientific Reports上发表SesameFG: an integrated database for the functional genomics of sesame，整合收录705个芝麻性状表型信息，3个芝麻的基因组，大量的SNP以及基因表达谱，基因家族，重要农艺性状的候选基因和基因组-SSR标记等，为芝麻功能基因组学研究和分子育种提供了宝贵的资源和工具。
数据库网址：http://www.sesame-bioinfo.org/SesameFG/index.html
数据采集
主要来自公共数据库、文献等，包括种质信息和表型、基因组序列和变异、基因家族、基因表达、候选基因、SSR标记，具体信息如下图和表。
如上图：图A为SesameFG主页；图B收录705份芝麻物种名称，地理来源，生态型，测序覆盖度和群体；图C为芝麻基因组中的共线区域及SNP，Indel和转座子等查询；图D可以查询基因家族信息包括转录调节因子，激酶蛋白编码基因，细胞色素P450蛋白和脂质代谢酶等；图E是SSR信息统计；图F是芝麻基因组浏览器，包括基因结构，tRNA基因，microRNA基因，转座子和群体SNP等；图G是数据下载界面。
作为重要的油料作物，分子育种和遗传改良是必不可少的研究部分，SesameFG目前收录的信息必将推动芝麻基因组研究，加速科研产出，充分体现物种数据库价值所在。
参考文章
- 发表于 2017-11-06 21:05
- 阅读 ( 6560 )
- 分类：基因组学
