SesameFG:芝麻功能基因组学的综合数据库

SesameFG为芝麻功能基因组学研究和分子育种提供了宝贵的资源和工具

    芝麻(Sesamum indicum L.)含油量高,基因组小,生长期短,是油料作物遗传研究的优良品种。随着测序技术的发展,芝麻基因组学和功能基因组学研究近几年来迅速发展同样面临的一个问题是这些结果分布在许多不同的杂志,缺乏一个系统的整合,这个生信人之前同样提过。今年五月份,由中国农业科学院油料作物研究所在Scientific Reports上发表SesameFG: an integrated database for the functional genomics of sesame,整合收录705个芝麻性状表型信息,3芝麻的基因组,大量的SNP以及基因表达谱,基因家族,重要农艺性状的候选基因和基因组-SSR标记等,为芝麻功能基因组学研究和分子育种提供了宝贵的资源和工具

数据库网址:http://www.sesame-bioinfo.org/SesameFG/index.html

数据采集
    主要来自公共数据库文献等,包括种质信息和表型、基因组序列和变异、基因家族基因表达候选基因SSR标记,具体信息如下图和表。attachments-2017-11-70VQQcEo5a005d1205c3d.attachments-2017-11-cFxJj3ll5a005d19e7861.数据库功能
attachments-2017-11-iplxa0OR5a005d7601177.

    如上图:ASesameFG主页;图B收录705份芝麻物种名称,地理来源,生态型,测序覆盖度和群体C芝麻基因组中的共线区域SNPIndel和转座子等查询;图D可以查询基因家族信息包括转录调节因子,激酶蛋白编码基因,细胞色素P450蛋白和脂质代谢酶等;图ESSR信息统计;图F是芝麻基因组浏览器,包括基因结构,tRNA基因,microRNA基因,转座子和群体SNP等;图G是数据下载界面。


    作为重要的油料作物,分子育种和遗传改良是必不可少的研究部分,SesameFG目前收录的信息必将推动芝麻基因组研究,加速科研产出,充分体现物种数据库价值所在。


参考文章

Wei X, Gong H, Yu J, et al. SesameFG: an integrated database for the functional genomics of sesame[J]. Scientific Reports, 2017, 7(1):2342.


  • 发表于 2017-11-06 21:05
  • 阅读 ( 2458 )
  • 分类:基因组学

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