exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes

exoRBase一个整合血液外泌体RNA的数据库。

exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes


exoRBase是几年10月份发在核酸研究上的有一个关于某个组织的数据整合的数据。这个是生信人10月份推送的第二篇此类的数据库文章,第一篇是NAR数据库iSyTE 2.0(眼的基因表达数据库)

另外,小编相信这样的数据库还是会接二连三的出现(硬广:有数据库开发需求的可以后台私信小编哦

首先来看下数据库的首页吧。

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讲真,这个页面还是挺漂亮的,至少小编认为。这个数据库呢主要是收集的血液外泌体样本中各种RNA的数据,包括circRNA、lncRNA、mRNA等。一共有92个样本,58330个circRNA、15501个lncRNA、18333个miRNA。

收据的获取除了之前作者的一些数据,基本都是从GEO和GETx上整合的。

数据下载之后,首先进行了标准分析。然后根据GTEx(Genotype-Tissue Expression project)对某一个RNA在不同组织的表达情况进行了分析。

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目前数据库收录的样本包括正常人,冠心病患者,结肠直肠癌患者,肝癌患者,胰腺癌患者,乳腺癌患者的数据。具体表格如下:另外该数据库还支持其他科研用户提交新的数据。

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通过检索TRAF3基因,会展示在92个样本中的表达情况,具体表达情况展示有三种形式

折线

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热图

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箱线图

 attachments-2017-10-qZlUfAK459e01d57de5d5.png

另外还支持多个基因共同展示和比较

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同时在检索时,如果不知道确切的名字,可以通过染色体位置进行检索。

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参考文献

Shengli Li, Yuchen Li, Bing Chen, Jingjing Zhao, Shulin Yu, Yan Tang, Qiupeng Zheng, Yan Li, Peng Wang, Xianghuo He, Shenglin Huang; exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes, Nucleic Acids Research, , gkx891, https://doi.org/10.1093/nar/gkx891

 

小编乱说

 

小编认为随着测序数据的日益丰富,目前科研圈最大的矛盾不再是测序能力不足的问题,而是人们日益丰富的数据和落后的数据挖掘能力之间的矛盾。如何通过技术平台撬动PB级别的数据,实现轻松科研,快乐科研,是未来需要努力的事情,也是容易出成果的地方。

  • 发表于 2017-10-13 09:51
  • 阅读 ( 2489 )
  • 分类:软件工具

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不写代码的码农
张海伦

生物信息分析员

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