exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes
exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes
exoRBase是几年10月份发在核酸研究上的有一个关于某个组织的数据整合的数据。这个是生信人10月份推送的第二篇此类的数据库文章，第一篇是NAR数据库iSyTE 2.0（眼的基因表达数据库）。
另外，小编相信这样的数据库还是会接二连三的出现（硬广：有数据库开发需求的可以后台私信小编哦）
首先来看下数据库的首页吧。
讲真，这个页面还是挺漂亮的，至少小编认为。这个数据库呢主要是收集的血液外泌体样本中各种RNA的数据，包括circRNA、lncRNA、mRNA等。一共有92个样本，58330个circRNA、15501个lncRNA、18333个miRNA。
收据的获取除了之前作者的一些数据，基本都是从GEO和GETx上整合的。
数据下载之后，首先进行了标准分析。然后根据GTEx(Genotype-Tissue Expression project)对某一个RNA在不同组织的表达情况进行了分析。
目前数据库收录的样本包括正常人，冠心病患者，结肠直肠癌患者，肝癌患者，胰腺癌患者，乳腺癌患者的数据。具体表格如下：另外该数据库还支持其他科研用户提交新的数据。
通过检索TRAF3基因，会展示在92个样本中的表达情况，具体表达情况展示有三种形式
折线
热图
箱线图
另外还支持多个基因共同展示和比较
同时在检索时，如果不知道确切的名字，可以通过染色体位置进行检索。
参考文献
Shengli Li, Yuchen Li, Bing Chen, Jingjing Zhao, Shulin Yu, Yan Tang, Qiupeng Zheng, Yan Li, Peng Wang, Xianghuo He, Shenglin Huang; exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes, Nucleic Acids Research, , gkx891, https://doi.org/10.1093/nar/gkx891
小编乱说
小编认为随着测序数据的日益丰富，目前科研圈最大的矛盾不再是测序能力不足的问题，而是人们日益丰富的数据和落后的数据挖掘能力之间的矛盾。如何通过技术平台撬动PB级别的数据，实现轻松科研，快乐科研，是未来需要努力的事情，也是容易出成果的地方。
- 发表于 2017-10-13 09:51
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- 分类：软件工具
