17年Molecular Plant水稻数据库RIGW介绍

水稻数据库又发表了。

好多人问小编,数据库能发文章吗。

不要问这么有哲学性的问题,好不好。

10月15日,华中农业大学的RIGW数据库发表在了Molecular Plant上。

看看小编最近给大家介绍的猪的circRNA数据库,眼睛表达谱数据库,血液RNA数据库,还有这个水稻基因组数据库(水稻的都发了很多了)。

如何盘活存量数据,小编认为是趋势。

华中农大这个数据库Rice Information GateWay (RIGW): A Comprehensive Bioinformatics Platform for Indica Rice Genomes 

早在16年就已经有了。但是当时的基因组数据质量太差,所以并没有引起注意。关键点在于随着三代测序技术的发展,

水稻完成图的获得成为可能。所以水稻数据库才能再一次发表。

之前小编有文章解读过中科院发表的水稻完成图,仅仅是技术分析,介绍组装的质量,发表了nature communication。

华农又一次的水稻完成图,数据库发表在Molecular Plant。

水稻质量更新了可以发基因组文章,也可以发数据库。10+8,何乐而不为。

水稻都又发了,棉花,大豆,茄子,黄瓜。。。。还等啥呢。

RIGW数据库内容其实并不是很多。

首页如下,其中包括基因组的指标和注释信息、基因的检索和查询、基因组浏览器、特有的通路介绍、分析工具、数据下载等。

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部分分析工具如下:blast、基因家族分析、蛋白互作网络、基因编辑设计(亮点)、共线性、水稻相关文献查找工具、基因表达、kegg通路分析。

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我们打开看下PPI,随意丢两个基因,看效果还可以。

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  • 发表于 2017-10-16 13:38
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  • 分类:基因组学

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不写代码的码农
张海伦

生物信息分析员

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