人类lncRNA 简介

Part 1.目前研究相对比较透彻的lncRNA汇总与癌症相关lncRNA lncRNA长度Cytoband癌症类型HOTAIR2158nt12q13.13乳腺癌MALAT1/a/NEAT27.5 kb11q13.1乳腺癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、宫颈癌、前...

Part 1.目前研究相对比较透彻的lncRNA汇总

与癌症相关lncRNA

lncRNA	长度	Cytoband	癌症类型
HOTAIR	2158nt	12q13.13	乳腺癌
MALAT1/a/NEAT2	7.5 kb	11q13.1	乳腺癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、宫颈癌、前列腺癌、结直肠癌、肝癌、神经胶质瘤、骨肉瘤
HULC	500nt	6p24.3	肝癌、肝结直肠癌转移
BC200	200nt	2p21	乳腺癌、胰腺癌、肺癌、卵巢癌、食管癌、舌癌、腮腺癌
H19	2.3kb	11p15.5	膀胱癌、肺癌、肝癌、乳腺癌、子宫内膜癌、胰腺癌、卵巢癌、前列腺癌、结直肠癌、食管癌
BIC/MIRHG155/MIRHG2	1.6kb	21q11.2	B细胞淋巴瘤
PRNCR1	13kb	8q24.2	前列腺癌
LOC285194	2105nt	3q13.31	骨肉瘤
PCGEM1	1643nt	2q32.2	前列腺癌
UCA1/CUDR	1.4kb,2.2kb,2.7kb	19p13.12	膀胱癌、结直肠癌、胰腺癌、肺癌、肝癌、乳腺癌、食管癌、胃癌、甲状腺癌
DD3/PCA3	0.6kb,2kb,4kb	9q21.22	前列腺癌
anti-NOS2A	~1.9kb	17q23.2	脑癌
uc.73A	201nt	2q22.3	结肠癌
TUC338 (encodesuc.338)	590nt	12q13.13	肝癌
ANRIL/p15AS/CDK2BAS	34.8 kb & splicevariants	9p21.3	前列腺癌、白血病
MEG3	1.6 kb & splicingisoforms	14q32.2	脑癌（下调）
GAS5/SNHG2	Multiple isoforms	1q25.1	乳腺癌
SRA-1/SRA(bifunctional)	1965nt	5q31.3	乳腺癌、卵巢癌、子宫癌
PTENP1	~3.9kb	9p13.3	前列腺癌
ncRAN	2186 nt, 2087 nt	17q25.1	膀胱癌、神经胶质瘤

与神经系统疾病相关的lncRNA

BC200	阿兹海默症
DISC2	精神分裂症
IPW	Prader-Willi综合症
PSZA11q14	精神分裂症
RAY1/ST7	自闭症
ZNF127AS	Prader-Willi综合症
T-UCR uc.195, uc.392, uc.46 and uc.222	特发性神经发育疾病

与其它类型疾病相关的lncRNA

22k48	DiGeorge综合症
COPG2IT1	Russell-Silver综合症
DGCR5	DiGeorge综合症
H19	Beckwith-Wiedemann综合症、Silver–Russell 综合症
LIT1	Beckwith-Wiedemann综合症
KCNQ1OT1	Beckwith-Wiedemann综合症
MESTIT 1	Russell-Silver综合症
NESP-AS	McCune–Albright 综合症、假性甲状旁腺功能减退症
HYMAI	暂时性新生儿糖尿病

Part 2.lncRNA数据库汇总

Part 3.lncRNASNP 具体网站介绍

lncRNASNP: 一个研究其中SNP以及它们在人类和小鼠中的潜在功能数据库

网址:https://www.lncrnablog.com/lncrnasnp2-an-updated-database-of-functional-snps-and-mutations-in-human-and-mouse-lncrnas/

这个网站已经更新到2.0，现在首页长这样：

所有数据被整合到MySQL表中。lncRNA转录本ID，miRNA ID和SNP ID作为连接各表的主键。通过Ruby on Rails框架建立lncRNASNP网站。我们设计了几个用户友好的输入框来使得数据获取更为便利。右上角的快速搜索框可以输入lncRNA转录本ID，miRNA ID，SNP ID甚至是选定的基因组位置。

主页也提供了高级搜索，可以通过不同的关键字和一列ID来查询。

由于lncRNASNP数据库包含了人类和小鼠的数据，我们将其分为两部分，lncRNASNP-human和lncRNASNP-mouse。这两个分数据库都有三个主要标签，SNP，lncRNA和miRNA。

SNP标签下储存了所有lncRNA中的SNP和它们的详细信息。这一部分的数据包含①SNP的基本信息②SNP对于二级结构的影响和③SNP对miRNA-lncRNA互作的影响。对于lncRNASNP-human，这部分也包含了GWAS LD区域的SNP和相关的GWAS信息。

由于SNP列表实在太过庞大，我们建立了四个选项来优化SNP选择。第一个选项是‘position’，允许用户在自定义的染色体区域内查询SNP。第二个选项是‘GMAF’，可以帮助用户以最小等位频率筛选结果。这一项对于关联分析中使用的样本大小有重要的意义。用户也可以把查询的SNP限制在GWAS区域之内，或是只选择影响miRNA-lncRNA互作的SNP。结合上述选项，用户可以迅速找到感兴趣的多态位点。

lncRNA标签下提供了lncRNA的信息。用户通过点击特定的lncRNA即可查看其基本信息，与其相关的SNP，miRNA结合位点和SNP带来的结合位点增加/缺失。

在‘Basic information’部分，我们提供了lncRNA基因的保守信息，数据来源于Necsulea et al.的研究和lncRNAtor数据库。

在‘miRNAs binding to lncRNA’部分，可能与此lncRNA结合的miRNA以有颜色的小块呈现，不同的颜色代表不同的靶向类型（是否保守，是否有实验支持，以及miRNA表达水平）

在‘miRNAsbinding to lncRNA’部分，可能与此lncRNA结合的miRNA以有颜色的小块呈现，不同的颜色代表不同的靶向类型（是否保守，是否有实验支持，以及miRNA表达水平）

miRNA标签使得用户可以通过表达来选择miRNA，得到靶向的lncRNA及由SNP带来的结合位点增加/缺失。在这一部分，miRNA根据表达不同被分为四类，高表达(RPM≥1000)，表达适中(10≤RPM< 1000)，低表达(1≤RPM<10)和不表达(RPM<1)。对于每个人类miRNA，我们也在‘basic information of miRNA’部分提供了其在28种类型癌症中的表达水平。

发表于 2018-09-13 15:37
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分类：转录组学

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