人类lncRNA 简介

Part 1.目前研究相对比较透彻的lncRNA汇总 与癌症相关lncRNA lncRNA长度Cytoband癌症类型HOTAIR2158nt12q13.13乳腺癌MALAT1/a/NEAT27.5 kb11q13.1乳腺癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、宫颈癌、前...
Part 1.目前研究相对比较透彻的lncRNA汇总


与癌症相关lncRNA

lncRNA

长度

Cytoband

癌症类型

HOTAIR

2158nt

12q13.13

乳腺癌

MALAT1/a/NEAT2

7.5 kb

11q13.1

乳腺癌、肺癌、子宫癌、胰腺癌、宫颈癌、前列腺癌、结直肠癌、肝癌、神经胶质瘤、骨肉瘤

HULC

500nt

6p24.3

肝癌、肝结直肠癌转移

BC200

200nt

2p21

 

乳腺癌、胰腺癌、肺癌、卵巢癌、食管癌、舌癌、腮腺癌

H19

2.3kb

11p15.5

膀胱癌、肺癌、肝癌、乳腺癌、子宫内膜癌、胰腺癌、卵巢癌、前列腺癌、结直肠癌、食管癌

BIC/MIRHG155/MIRHG2

1.6kb

21q11.2

B细胞淋巴瘤

PRNCR1

13kb

8q24.2

前列腺癌

LOC285194

2105nt

3q13.31

骨肉瘤

PCGEM1

1643nt

2q32.2

前列腺癌

UCA1/CUDR

1.4kb,2.2kb,2.7kb

19p13.12

膀胱癌、结直肠癌、胰腺癌、肺癌、肝癌、乳腺癌、食管癌、胃癌、甲状腺癌

DD3/PCA3

0.6kb,2kb,4kb

9q21.22

前列腺癌

anti-NOS2A

~1.9kb

17q23.2

脑癌

uc.73A

201nt

2q22.3

结肠癌

TUC338 (encodesuc.338)

590nt

12q13.13

肝癌

ANRIL/p15AS/CDK2BAS

34.8 kb & splicevariants

9p21.3

前列腺癌、白血病

MEG3

1.6 kb & splicingisoforms

14q32.2

 

脑癌(下调)

GAS5/SNHG2

Multiple isoforms

1q25.1

乳腺癌

SRA-1/SRA(bifunctional)

1965nt

5q31.3

乳腺癌、卵巢癌、子宫癌

PTENP1

~3.9kb

9p13.3

前列腺癌

ncRAN

2186 nt, 2087 nt

17q25.1

膀胱癌、神经胶质瘤


与神经系统疾病相关的lncRNA

BC200

阿兹海默症

DISC2

精神分裂症

IPW

Prader-Willi综合症

PSZA11q14

精神分裂症

RAY1/ST7

自闭症

ZNF127AS

Prader-Willi综合症

T-UCR uc.195, uc.392, uc.46 and uc.222

特发性神经发育疾病


与其它类型疾病相关的lncRNA

22k48

DiGeorge综合症

COPG2IT1

Russell-Silver综合症

DGCR5

DiGeorge综合症

H19

Beckwith-Wiedemann综合症、Silver–Russell 综合症

LIT1

Beckwith-Wiedemann综合症

KCNQ1OT1

Beckwith-Wiedemann综合症

MESTIT 1

Russell-Silver综合症

NESP-AS

McCune–Albright 综合症、假性甲状旁腺功能减退症

HYMAI

暂时性新生儿糖尿病


Part 2.lncRNA数据库汇总

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Part 3.lncRNASNP 具体网站介绍

lncRNASNP: 一个研究其中SNP以及它们在人类和小鼠中的潜在功能数据库


这个网站已经更新到2.0,现在首页长这样:
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所有数据被整合到MySQL表中。lncRNA转录本ID,miRNA ID和SNP ID作为连接各表的主键。通过Ruby on Rails框架建立lncRNASNP网站。我们设计了几个用户友好的输入框来使得数据获取更为便利。右上角的快速搜索框可以输入lncRNA转录本ID,miRNA ID,SNP ID甚至是选定的基因组位置。
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主页也提供了高级搜索,可以通过不同的关键字和一列ID来查询。
由于lncRNASNP数据库包含了人类和小鼠的数据,我们将其分为两部分,lncRNASNP-human和lncRNASNP-mouse。这两个分数据库都有三个主要标签,SNP,lncRNA和miRNA。
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SNP标签下储存了所有lncRNA中的SNP和它们的详细信息。这一部分的数据包含①SNP的基本信息②SNP对于二级结构的影响和③SNP对miRNA-lncRNA互作的影响。对于lncRNASNP-human,这部分也包含了GWAS LD区域的SNP和相关的GWAS信息。
由于SNP列表实在太过庞大,我们建立了四个选项来优化SNP选择。第一个选项是‘position’,允许用户在自定义的染色体区域内查询SNP。第二个选项是‘GMAF’,可以帮助用户以最小等位频率筛选结果。这一项对于关联分析中使用的样本大小有重要的意义。用户也可以把查询的SNP限制在GWAS区域之内,或是只选择影响miRNA-lncRNA互作的SNP。结合上述选项,用户可以迅速找到感兴趣的多态位点。
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lncRNA标签下提供了lncRNA的信息。用户通过点击特定的lncRNA即可查看其基本信息,与其相关的SNP,miRNA结合位点和SNP带来的结合位点增加/缺失。
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在‘Basic information’部分,我们提供了lncRNA基因的保守信息,数据来源于Necsulea et al.的研究和lncRNAtor数据库。
在‘miRNAs binding to lncRNA’部分,可能与此lncRNA结合的miRNA以有颜色的小块呈现,不同的颜色代表不同的靶向类型(是否保守,是否有实验支持,以及miRNA表达水平)
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在‘miRNAsbinding to lncRNA’部分,可能与此lncRNA结合的miRNA以有颜色的小块呈现,不同的颜色代表不同的靶向类型(是否保守,是否有实验支持,以及miRNA表达水平)
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miRNA标签使得用户可以通过表达来选择miRNA,得到靶向的lncRNA及由SNP带来的结合位点增加/缺失。在这一部分,miRNA根据表达不同被分为四类,高表达(RPM≥1000),表达适中(10≤RPM< 1000),低表达(1≤RPM<10)和不表达(RPM<1)。对于每个人类miRNA,我们也在‘basic information of miRNA’部分提供了其在28种类型癌症中的表达水平。
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  • 发表于 2018-09-13 15:37
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  • 分类:转录组学

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