R语言实战系列(一)——R的介绍与安装

没有哪一个教程可以满足所有人的需求。在阅读教程时,一边动手操作,一边上网搜索更多相关的知识才会学的更快。

1.R包的下载与安装


1.1 为什么要使用R包?

R语言下载安装后,有很多基础函数可以使用,满足我们大部分需求。但在进行一些特定的分析时,需要用到一些人开发的R包。

目前有很多R包可以下载,涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计学、生物信息学等诸多方面。


1.2 R包的安装方法:

R包通常来源于以下三个地址:CRAN,  github,  Bioconductor

1安装CRAN中的R包的方法为(以笔者开发的GeoTcgaData为例)

install.packages("GeoTcgaData")

2安装github中的R包方法为(GeoTcgaData为例)

github官网(https://github.com/)上搜索GeoTcgaDataattachments-2019-10-AldHFmFD5da19e00be180.png


可以看到GeoTcgaData的作者为huerang,接着在R中运行以下命令就可以安装这个R

install.packages("devtools")

devtools::install_github("huerqiang/GeoTcgaData")


3安装Bioconductor中的R包(以clusterProfiler为例)

用浏览器搜索clusterProfiler,点击第一个

attachments-2019-10-EjZfcvKW5da19e4de0476.png


attachments-2019-10-4EUFFkjS5da19e5ddf68c.png

复制红框内的命令运行即可。


安装好R包后,如果要进行使用,先进行library。 如library(GeoTcgaData)

这样才可以直接使用R包中的函数。如果不进行library,则需要调用 包名::函数名。

  • 发表于 2019-10-12 17:36
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  • 分类:编程语言

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