祝让飞
祝让飞 - 生物信息工程师 生信一期

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差异表达分析tcga基因表达数据存在小数如何处理

存在小数是正常情况,不需要处理

回答于 2019-02-18 20:48

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同一个人有两个miRNA的表达数据

TCGA里会有这种情况的,主要原因是 同一个病人采集的样本刚开始用新鲜样本进行测序,后面为了研究不同样本保存方式对测序结果的影响又测了一次不同的保存方式的样本的数据,所以就会存在一个病人测了两次或多次的情况,此类样本一般不多

回答于 2019-02-18 20:47

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GSEA出了很多文件,不知道哪个才是有效的

找到 index.html文件,打开之后会看到各个通路的富集表格,以此为入口就好找了

回答于 2019-02-18 20:42

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TCGA中的甲基化数据分析

重要是的后面一句:450k数据量大,电脑跑不动。 甲基化分析的R包就多了,如下图:

回答于 2019-02-18 20:40

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DEcentre分析出现这种情况是为什么?

应该是工具盒所使用的R里没有安装limma这个包,并且网络安装失败

回答于 2019-02-18 20:37

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GEO便捷转换器选择文件后无任何反应

数据量大,需要多做等待

回答于 2019-02-18 20:36

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请问可以用UCSC Xena做miRNA在多种肿瘤中的生存分析吗?可以直接...

UCSC不能直接做生存分析,可以使用http://cbportal.org

回答于 2019-02-18 20:35

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请问那个RMA导入cel数据提示unhandled错误解决了吗?我也遇到相...

这个问题应该是由于系统平台不兼容导致的,建议去官网:http://rmaexpress.bmbolstad.com/ 重新下载一下重新安装试试

回答于 2019-02-18 20:28

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GEO便捷转换器使用异常

sampleinfo_contrib-GPL6245就是样本信息文件 选择样本数据行就是选择样本数据列,可能程序猿没注意这个细节,下次改正过来

回答于 2019-02-18 20:26

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geo数据下载的问题

1、下载的是表达矩阵,一般是经过标准化处理的,可以直接做差异分析,不过还是要看一下数据描述 2、多芯片平台的数据,可以下载表达矩阵,再进一步使用相关R包做合并处理,这里细节就长了

回答于 2019-02-18 20:23